在程莘農60多年從事中醫內、婦、針灸醫療活動中，積累了豐富的教學、臨床、科研經驗；對中醫溫熱病舌診有較深的研究，在針灸基礎理論研究、針灸選穴、針刺手法等方面都有獨到的見解。他數十年如壹日，勤於臨證，鉆研古籍，博采眾長，主張實踐與理論並重，對《內經》、《難經》等古代中醫典籍有所研究，寫出“難經語釋”、“難經概述”等文章。主編了《簡明針灸學》、《中國針灸學》(中、英文本)、《針灸精義》(印度印行，英文版)、《針灸療法》等十幾種論著。在針灸臨證時他重視辨證論治，貫徹理、法、方、穴、術的統壹性，針刺手法高超獨特，認為用藥用穴都是在中醫學基礎理論指導下進行的，穴位和中藥的作用常有異曲同工之妙。在從醫數十年中，他診治患者數十萬人次，尤擅長中風、面癱等疾病的治療。還參加壹些實驗工作與屍體穴位解剖等工作。從20世紀50年代便開始中醫針灸的文獻研究工作。60年代後，研究重點放在了經絡問題上。他在262醫院的協作下，***同完成的“體表循行81例研究”為中國早期經絡研究起到了壹些推動作用。改革開放後，他多次主持國家級、部級課題。其中作為主研人進行的“循經感傳和可見經絡現象的研究”獲國家中醫藥管理局科技進步壹等獎。在學術觀點上，以《靈》《素》《難經》為主，反對玄學，提倡務實創新，對針刺“三才法”的改進頗有新見。其主要著作有《中國針灸學》(中、英文本)、 《針灸精義》(印度發行)、 《難經語譯》初稿等。並親躬教學數百班次，培養博士、碩士近20人，外國學生幾千名，遍布百十個國家和地區。他多次獲“優秀教師”、“榮譽教師”等獎，並享受政府特殊津貼。
數十年潛心研究，深諳傳統中醫針灸理論，善於治療內科，婦科疾病及各種疑難雜癥，特別對偏癱、高血壓、面癱、坐骨神經痛、功能性子宮出血等疾病的研究和治療達到國內外先進水平，臨床治愈率和有效率很高；在經絡理論的實質研究取得重大成果，主持了“循經感傳和可見的經絡現象的研究”和“十四經穴點穴法”的研究；主編和撰寫針灸專業教科書7部，成為國內外針灸教學的主要範本。並負責北京國際針灸教學工作，去過十多個國家，進行針灸學術交流。
為推動針灸走向國際，擴大針灸的學術影響，先後應邀前往日本、印度、加拿大、美國、英國、意大利、巴西等十幾個國家的幾十個城市進行講學和考察，並多次參加國際學術會議，努力向國際推廣針灸，在國際上獲得較高聲望。