《經典釋文》最早陸德明的原稿是雙色抄寫，黑色寫經文，紅色寫釋文（《經典釋文卷壹敘錄·條例》），唐後期的寫本已經簡省成壹色墨書而在經文上面點朱砂的方法，再往後就變成單色寫，徹底沒有雙色的規矩了。現存最早的版本是宋刻宋元遞修本，此後元明兩代沒有再刻。到了清康熙年間才有徐乾學主持的《通誌堂經解》本，該本是以清初葉林宗根據錢謙益絳雲樓藏宋刊本（此本已焚）影抄的本子為底本重刻的。到了清乾隆年間，盧文弨以葉林宗影宋抄本為底本，廣采各家校勘成果，著成《考證》30卷，與已經精校的《經典釋文》原書壹並刻入《抱經堂叢書》。此後訖於20世紀80年代通行的都是徐乾學本和盧文弨本以及根據這兩個本子翻刻的本子。而宋刻宋元遞修本直到1985年才由上海古籍出版社影印出版。
這三個版本相比較，通誌堂本最劣，抱經堂本雖勝於通誌堂本，也不是很好，主要還是校勘的問題。宋本的宋刻原葉質量很高，但是這個本子中有元朝的修補書葉，這些元修書葉錯字特別多，因此宋本的不同部分要區別對待。
另外，2006年，中華書局排印出版了黃焯的《經典釋文匯校》。這個本子以通誌堂本為底本，以包括宋刻宋元遞修本在內的各種30卷刻本、30卷影抄本以及元明兩代各種《附釋音十三經註疏》所附的釋文進行通校，並參合清代以來諸家校勘成果寫定校勘記，每頁分兩欄寫定，上欄為通誌堂本正文，下欄為校語。這部書最大的特色是全書十二部分的釋文都充分運用可以見到的舊鈔殘卷（尤其敦煌寫本）、單刻本以及30卷殘本進行校勘。所以單以參校之富與參校版本之精壹項，《匯校》之作就已遠超乾嘉以來諸家。而且黃先生在出校方面，只要有版本出現與底本相異的文字則為之出校，不避繁瑣務以存真，且並不妄下斷語，可謂“天下至慎”，所以堪稱目前值得信賴的版本。