隨後在1392年，朱元璋禦賜福建地區的壹批中國人遷居琉球協助中山發展建設，據說有36戶之多，史稱“閩人三十六姓”。因為這些中國人到了琉球後，在那霸港附近的壹個浮島上建立了久米村，琉球方面也稱他們為“久米三十六姓”。這些人很可能是帶有武藝的，中國武術較為大規模地、完整地流入琉球地區，可能就是從那時開始的，這種觀點現在被稱為“三十六姓輸入說”。有意思的是，這些中國人中有壹支是鄭姓，有可能是他們帶入了之後被奉為空手道寶典的《武備誌》。久米三十六姓，被認為可能是那霸手最早的起源。
在明朝的支持下，中山統壹了琉球地區，於1429年建立了琉球王國，正式以壹個統壹的王國向明朝入貢了。作為宗主國的明朝也很快在福建福州開設琉球館等機構，進壹步加大中琉的貿易往來和文化交流，中琉武術的交流也在這個時代背景下達到了壹個高峰。
在這壹時期裏，不僅中國人往來琉球，更有朝鮮人也在琉球紮根。自元朝時期以來，朝鮮地區因“三別抄之亂”而逃亡的朝鮮人就有漂流至琉球的，隨後的很長時期裏，朝鮮、中國、日本的漂流船時不時地停靠琉球，他們主要居住在泊地區的壹些山洞裏。漂流民中不乏會武術的人，其中就有安南（也叫禪南），傳下了安南這套型（套路）流傳至今，也可以想見，當時朝鮮半島、日本本土的壹些武術技巧也通過這些漂流民進入了。泊也是壹個港口，文化交流也相當鼎盛，漂流民們多在這裏定居，這被認為是泊手最早的起源。
除此之外，輸入琉球的可能不止是中國武術，印度尼西亞等東南亞國家的傳統武術有諸多和唐手非常相似的地方，除了招式和功法方面的相似之處外，還有諸如赤足裸身練習、以拳而不是掌為主要攻擊手段等等相似點，因此沖繩方面的學者也認為東南亞對琉球武術影響極大，甚至早於中國武術傳入琉球。這壹觀點被稱為“南方輸入說”。
現在還有觀點認為琉球地區之所以徒手武術興盛，是因為武器的匱乏和禁武令。實際上早在琉球王國剛統壹的時候，日本和中國的武器就輸入了琉球，兵器壹度也是很盛行的，之後琉球政府頒布禁武令主要是禁止平民使用刀具兵器，有人認為正是因為這禁令才使得琉球徒手武術興盛。不過，當時琉球有條件習武的人基本都是貴族，他們不在禁武的範圍內，因此也不會因為不能使用武器而鉆研徒手武術，加之並沒有對棍棒和農具加以限制，普通民眾若是習武也是可以有替代武器的，所以有研究者提出禁武令和琉球拳術的興起沒有直接關聯。
明清時期，琉球作為中國的屬國，也會和中國合作抗擊倭寇。為了加強兩國的關系，中方也經常派大隊人馬出使琉球，根據明朝使官陳侃的《使琉球錄》記載，出使琉球的船隊中，主船就有官兵、船員、工匠及相關工作人員三百多人，可見整個使團有多龐大，因此也有學者認為使團在武術交流中也扮演著非常重要的角色，把這種學說稱為“冊封使導入說”。鄭成功收復臺灣後，琉球和中國大陸就可以更方便地開展交流了，壹些中國武術從大陸傳往臺灣，再由臺灣進入久米島，最終進入琉球，如此壹來壹個基於島鏈的交流渠道就建成了。這段時期裏久米村武術名家輩出，很多之後在空手道發展史上留下記錄的琉球武術家都曾在久米村學藝。