第壹個淵源：源於子姓，出自商王朝王族之後裔，屬於以先祖名字為氏。
商王朝的開國君王叫“湯”，所以後史中提到商王朝的時候也多稱商湯。
湯的六代孫開始有祖乙、祖辛、祖丁、祖庚、祖甲、祖己……都曾是商王朝君王的廟號，其中的祖乙，名字叫子滕，是這些商王中最有作為的帝王，他任用巫賢為相，勵精圖治，使當時已經衰落下去的商王朝中興起來。
關於祖已的世系，壹般認為是：
少典→軒轅→玄囂→蟜極→夋[夔]→契[卨]→昭明[王吳]→相土[土]→昌若[羔]→曹圉[根圉]→冥[季]→核[王亥]→微[上甲]→報丁[報乙]→報乙[報丙]→報丙[報丁]→主壬[示壬]→主癸[示癸]→履(天乙、成湯)[太乙、唐、成]→[太丁]→至[太甲]→辨[太庚]→密[太戊]→整(河亶甲)[戔甲]→滕[祖乙]→旦[祖辛]→新[祖丁]→斂[小乙]→昭[武丁]→曜[祖庚]→載[祖甲]→孝己[祖己(祖伊)]。商王之名出自史籍《竹書紀年》中的記載，“[]”內的名號是甲古文字記載的君王廟號。
在商王朝開國君主商湯執政時期，有壹個著名的左相仲虺，在仲虺的後代中，有人名叫祖己(祖伊)，為仲虺之後的商王朝宰相。
據史籍《元和姓纂》和《姓譜》等書記載：“子姓，殷後，殷王祖甲、乙、丙、丁支庶因氏焉，殷有祖己、祖伊，漢有祖沂，始家涿郡，望出範陽。”
姓氏學界壹般認為，祖氏得姓始祖應當從祖已起算。在殷商武丁的時間，從古籍上已經發現了最早姓祖者的史實記載，那便是當時以“道訓諫王”的賢臣祖已，這在典籍《書經·高宗彤日》中有明確記載：“高宗祭成湯，有飛雉升鼎耳而雒；祖已訓諸王，作高宗彤日之訓。”
第二個淵源：源於蒙古族，屬於漢化改姓為氏。
蒙古族各根義召日氏，是壹個十分特殊的姓氏群體，就是世代的“守陵者”。
蒙語“各各召”是“祖墳”之意，延伸的“各根義召日”表明為更崇高的“祖陵”，多用於對蒙古民族歷史商功勛卓著的先祖、王爺、可汗、大汗等陵寢的尊稱，後有專職世襲的守陵人取之為家族姓氏，即稱各根義召日氏。在明朝時期，有蒙古族各根義召日氏族人取姓氏的漢義改冠漢姓為祖氏者，世代相傳至今。
第三個淵源：源於滿族，屬於漢化改姓為氏。
據史籍《清朝通誌·氏族略·滿洲八旗姓》記載：
⑴、滿族薩克達氏，本稱巴雅拉氏，後改以地名為氏，滿語為Sakda Hala，滿語“蒼老、老祖宗”，是壹個龐大的滿族氏族部落，有諸多分支，世居寧古塔(今黑龍江寧安)、阿扈河(今黑龍江寧安南部六十公裏處)、葉赫(今吉林葉赫河、伊通河、伊丹河、東遼河流域)、薩克達(今遼寧撫順峽河流域)、赫圖阿拉(今遼寧新賓永陵鎮)、那木都魯(今俄羅斯濱海地區)、德裏倭赫(今遼寧撫順渾河兩岸)、黑龍江兩岸等地，所冠漢姓為多為祖氏、蒼氏、倉氏、麻氏、駱氏、李氏、高氏、海氏、薩氏、裏氏、陳氏、羅氏、老氏、英氏、印氏、巴氏、色氏、臧氏、禮氏、佟氏、陀氏、翁氏等。
⑵、滿族組佳氏，滿語為Jugiya Hala，祖先原為漢族，東漢末期被遼東鮮卑烏桓部虜攜，融入鮮卑，後逐漸演化為遼東女真，世居鐵嶺(今遼寧鐵嶺)，後多冠漢姓為祖氏。
第四個淵源：源於其他少數民族，屬於漢化改姓為氏。
今彜族、東鄉族、傣族、苗族等少數民族中，均有祖氏族人分布，其來源大多是在唐、宋、元、明、清時期中央政府推行的羈糜政策及改土歸流運動中，流改為漢姓氏，世代相傳至今。