李時珍精心照料父親，使父親的病開始好轉。在此時間裏，他完成了《瀕湖醫案》、《三焦客難》、《命門考》、《五藏圖經》、《瀕湖脈學》、《奇經八脈考》等著作。這些著作都凝聚著李時珍父子之間的深情厚誼。比如，《瀕湖脈學》就是李時珍在父親《醫學八脈法》、《四診發明》的基礎上寫成的。
中醫的脈學，自《內經》開創以來，歷代都有論述。東漢張仲景對評脈的辨證論述，散見各篇，未成專著。兩晉王叔和著有脈經12卷，因時代久遠，散失太多，到《舊唐誌》只留下兩卷。李時珍本著“涉獵群書，搜羅百代”的治學精神，除廣收經典外，還涉及上自太倉、啟玄、叔和之學，下至唐宋金元諸名流脈學著作達48家之多，在此基礎上刪繁就簡，寫成了集脈學著作大成的《瀕湖脈學》。第壹次以27脈“歌訣”及“四言舉要”，解決了通俗切用的難題，並批判了《脈訣》的謬誤。
《瀕湖脈學》全書僅2萬多字，然而字字斟酌，深入淺出，句句通俗，且俗不傷雅。以脈論醫，明理切用，音韻協調，易讀易記，故風行天下成為後世脈學的指南。我們今天全國中醫院校的脈學教材，大多取材於這本經典著作。
在這個時期裏，李時珍還寫了《命門考》、《奇經八脈考》等著作。
與此同時，他對《內經》、《抱樸子》、《千金要方》等古籍，以及藥王廟中的針灸銅人進行了深入的研究。
明代嘉靖四十三年（公元1564年），李言聞舊病復發，醫治無效去世。臨終前，他囑咐李時珍要克服困難，盡快地將《本草》重修好。
幾年以後，李時珍同哥哥李果珍壹起，將父親與去世已久的母親張氏合葬在雨湖畔的蟹子地。至今，這座合葬墓還在美麗的雨湖之濱。