《針灸甲乙經》這壹書名，是明代新安吳勉學校本始用的，而歷代史誌對本書書名及卷數的記載並不壹致。《隋書·經籍誌》載：《黃帝甲乙經》10卷；《舊唐書·經籍誌》載：《黃帝三部針灸經》13卷；《新唐書·藝文誌》載：《黃帝三部針灸經》12卷；《通誌·藝文略》載：《黃帝三部針灸經》13卷；《宋史·藝文誌》載：《黃帝三部針灸經》12卷。從以上記載看，只有《隋書》所載的10卷本名為“甲乙”。關於“甲乙”的含義，日人丹波元堅根據《隋誌》所載，其卷第以甲、乙、丙、丁……名之，他認為“玄晏原書，以十幹列，故以‘甲乙’命名”，觀《舊唐書》以後諸史誌所載的版本都不是10卷，也都不名以“甲乙”，頗覺丹波氏的觀點可信。有人認為《甲乙經》的全稱應定為《黃帝三部針灸甲乙經》，這是將古書記載的兩種書名合為壹起了。《甲乙經》自西晉太康三年行世之後，歷代經過多次傳抄，所以書名和卷數有所變更是容易理解的。