《<傳習錄>精讀》，上海：復旦大學出版社，2011年。
《明末清初勸善運動思想研究》，臺北：臺灣大學出版中心，2009年。
《羅汝芳評傳》，南京：南京大學出版社，2005年。此書又於2011年再版。
《王陽明著述選評》，上海：上海古籍出版社，2004年。
《明末知識界講學活動系年（1522-1602）》，北京：學林出版社，2003年。
《陽明後學研究》，上海：上海人民出版社，2003年。
《聶豹、羅洪先評傳》，南京：南京大學出版社，2001年。此書又於2011年再版。
《傳習錄壹百句》，上海：復旦大學出版社，2012年。 《王畿集》，吳震（校理），南京：鳳凰出版社，2007年。
《思想與文獻——日本學者宋明理學研究》，吳震（編），上海：華東師範大學出版社，2010年。
《宋代新儒學的精神世界：以朱子學為中心》，吳震（編），上海：華東師範大學出版社，2009年。
《朱熹<家禮>實證研究》，吾妻重二（著），吳震主編（吳震等譯），上海：華東師範大學出版社，2012年。
《比較思想論》，中村元（著），吳震（譯），杭州：浙江人民出版社，1987年。