南京最好的大學是南京大學。
南京大學（Nanjing University），簡稱“南大”，是中華人民***和國教育部直屬的全國重點大學，中央直管副部級建制，位列“雙壹流”A類、“211工程”、“985工程”重點建設高校，入選“珠峰計劃”、“強基計劃”、“111計劃”、“2011計劃”，為九校聯盟、中國大學校長聯誼會。
南京大學擁有國家基地班13個，位居全國高校第二。基地班覆蓋了南京大學8個壹級學科國家重點學科中的7個，均設有碩、博士點，配備院士、長江學者、傑青為主體的師資隊伍，並依托國家重點學科和重點實驗室教學科研優勢實施重點培養。基地班出國率30%以上，保研率60%以上。
館藏資源：
南京大學有鼓樓、仙林兩座圖書館大樓以及各院系專業圖書室和各種電子數碼信息資源。其中，南京大學仙林校區杜廈圖書館藏書500萬冊。
南京大學圖書館館藏古籍線裝書30多萬冊，其中列入全國善本書目的有500多種，1萬余冊；地方誌***藏4000余種，約4萬冊；收藏了許多珍貴的古代目錄學文獻以及叢書。
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