主要論文
1、《菩提達摩考》，北京大學研究生學刊94，1、2期合刊，收入《達摩禪學研究》下冊，中國大百科全書出版社2003年11月第1版。
2、《現實與超越》，馬克思主義與現實94，4。
3、《中臺頂上大泉名稱的演變與二十八祖說的始起》，五臺山研究95，1。
4、《新儒家與文化重建》，學術界96，1。
5、《慧光法師生卒年考》 ，佛學研究第五期（96）。
6、《論葛洪的文藝美學思想》，文藝研究97，3。
7、《出世之教與治世之道》 ，北京師範大學學報97，3。
8、《梁譯 <大乘起信論序>考證》， 國學研究第四卷 （97）。
9、《 <金剛三昧經>作者辨》， 中國文化研究97，4 。
10、《唐代詩僧皎然的宗系和思想》，收入《佛教與中國傳統文化》壹書，宗教文化出版社1997，12。
11、《胡適<白居易時代的禪宗世系>指謬》，原學第六卷（98）。
12、《章安灌頂大師與隋煬帝的恩怨》 ，東南文化98增刊，1。
13、《天臺宗玉泉壹派的傳承》 ，佛學研究第七期（ 98 ）。
14、《最美的是和平》 ，佛教文化 99 ， 3 。
15、《此湛然非彼湛然》 ，世界宗教研究 99 ， 2 。
16、《“正信”才是“迷信”的天敵》，佛教文化 99 ， 5 。
17、《龍樹的時代略考》 ，中國佛學第二卷第二期（ 1999 年 10 月）。
18、《慈恩宗衰亡的原因探析》 ，載《玄奘研究－第二屆銅川玄奘國際學術研討會文集》，陜西師大出版社1999年11月。
19、《迦膩色伽王與大月氏王系》 ，中華文化論叢第二輯,商務印書館1999年12月。
20、《禪宗第八代北宗弘正大師》 ，敦煌學輯刊 99 ， 2 。
21、《追星也成學界風》 ，粵海風 2000 、 1 。
22、《富那夜奢與付法傳承》 ，貴州社會科學 2000 ， 2 。
23、《洞山良價與曹洞宗源》 ，浙江學刊 2000 ， 3 。
24、《智詵與凈眾禪系》 ，敦煌學輯刊2000，1。
25、《藥山惟儼的宗系和禪風》 ，載《世紀之交的探索》（北京師範大學哲學系成立20周年紀念文集），北京師範大學出版社2000年5月。
26、《玄高從學佛跎跋陀羅的壹樁公案》，中國哲學史2000，3。
27、《唐衡嶽大律師希操考》 ，船山學刊2000，3。
28、《呂 澄 與佛學研究》 ，載《中國當代社科精華》哲學卷，黑龍江教育出版社2001年。
29、《禪門三百丈大師考》 ，佛學研究第九期（2000）。
30、《天命五年後金國的大福晉》 ，甘肅民族研究2000、4。
31、《慧瓚禪師的宗系和思想》 ，五臺山研究2001、1。
32、《六祖惠能的生平和思想》 （碩士論文），法藏文庫第二輯，佛光出版社2001。
33、《師子比丘與後四祖》 ，貴族社會科學2001、2。
徐文明作品《中國佛教哲學》
34、《論五行中的金》 ，北京師範大學學報2001、2。
35、《德山與洞山二支關系初探》 ，北京大學學報2001、2。
36、《曹洞宗歸宗青原壹系的原因初析》，普門學報2001、2。
37、《曹洞宗禾山壹支歸宗南嶽之壹證》，宗教學研究2001、1。
38、《曹山本寂禪師的禪法思想》 ，世界宗教研究2001、2。
39、《末田地與付法傳承》 ，華林第壹卷，中華書局2001年。
40、《誌遠與<法華傳記>的著作時代》，《光山凈居寺與天臺宗研究》，天馬圖書有限公司2001年。
41、《六家七宗與般若性空論》 ，少林文化研究論文集，宗教文化出版社 2001年。
42、《漫話彌勒佛》 ，世界宗教文化2001、4。
43、《通貫大小 融鑄古今》 ，普門學報2002、1。
44、《“四日並出”只是傳說嗎？》 ，法音2002、2。
45、《壹枝三葩 三車壹乘》 ，世界宗教研究2002、1。
46、《洞山良價與曹洞宗風》 ，普門學報2002、2。
47、《蘇洵王安石思想異同論》 ，清華大學學報2002、2。
48、《神會早期史事及其在六祖門下的地位》，圓光學報第六期。
49、《<永嘉證道歌>與二十八祖說的始起》，中國禪學第1期。
50、《試論禪宗的“不說破”與西方語言教學理論“默教法”的關系》，（合著）《曹溪禪研究》，中國社會科學出版社2002年9月第1版。
51、《試論八宮的內在規律》，宗教學研究2002、3。
52、《僧 叡 的生卒年代與思想》，《覺群·學術論文集》第二輯，商務印書館2002年11月第1版。
53、《阿育王與前七祖》 ，中國哲學史2002、4。
54、《東塔宗的傳承與流布》，戒幢佛學第二卷，嶽麓書社2002年12月。
55、《涅 槃 無名論》真偽辯，圓光佛學學報第七期。
56、《 彌勒形象的定型與中國人的民族性格》，載《布袋和尚與彌勒文化》，宗教文化出版社2003年4月第1版。
57、《 洛書與黃金分割 》，社會科學研究2003、3。
58、《付法藏經》與前二十四祖，中國禪學第2期。
59、《禪宗戒律革命在人間佛教中的意義》，普門學報第16期（2003年第4期）。
60、《壇經》諸版本考釋與六祖思想新論，曹溪禪研究第二卷，中國社會科學出版社2003年10月第1版。
61、《佛教與當代社會道德倫理建設》 ，載《大乘佛教與當代社會》，人民出版社2003年12月。
62、《僧 叡 慧 叡 非壹人辯》，正觀第25期。
63、《唐中期至五代時的兩京天臺宗略考》，宗教研究第1卷，中國人民大學出版社2003年12月版。
64、《都市佛教的作用與意義》，載《都市中的佛教》，宗教文化出版社2004年2月。
發表著作
1、《智 信 勇》（合著），中國青年出版社97年。
2、 《中國佛教文化大觀》（合著），北京大學出版社2001年。
3、《中土前期禪學思想研究》，法藏文庫碩士、博士論文集第六卷，佛光出版社2001年。
4、《輪回的流轉》，北京語言文化大學出版社2001年8月。
5、《出入自在——王安石與佛禪》，河南人民出版社2001年9月。
6、《傳統與超越：中國哲學的現代詮釋》（合著），北京師範大學出版社2002年1月第1版。
7、《中國哲學教程》（合著），高等教育出版社2002年11月。
8、《靈魂面面觀》（合著），天恩出版社2003年8月版。
9、《六祖壇經譯註》，中州古籍出版社2004年1月。
10、《中土前期禪學思想史》，北京師範大學出版社2004年1月。
待出版 《曹溪原本六祖壇經校註》，中華書局（收入凈慧法師主編之《中國禪宗典籍叢刊》中）