二是毫無可靠依據而改。《論語·學而》有“賢賢易色”，歷來是訓詁疑點，此類問題，前人每每存疑，今天利用出土材料，可以對這些問題嘗試解決，但該書在證據薄弱的情況下，改成“見賢易色”（第8頁）。再如，《論語·子路》有“樊遲問仁”，《校釋》改成“樊遲問行”，理由是“樊遲問行，‘行’舊訛‘仁’，形相似，今改正”（第321頁）。還有：《論語·子罕》有“空空如也”，《校釋》改成“我空空如也”，依據是“‘我’字舊在‘叩其兩端’前，蓋後人誤移，今據義移正”（第207頁）。以上可見，該書要麽不談依據，要麽憑“蓋……誤”之類的猜測之詞，就改動古書，未免草率了些。
三是提出新說或取舍舊說，不能提供強有力的證據和論證。“泛愛眾而親仁”壹句，作者改“仁”為 “人”，理由是“‘人’舊作‘仁’。按‘人’與‘眾’不相對，當以音誤。《大戴禮記·曾子立事》雲：‘言必有主，行必有法，親人必有方。’正作‘親人’，今據改”（第7頁）。揣摩文意發現，不如不改。因為《論語·顏淵》有“樊遲問仁，子曰：‘愛人’。”孟子概括為“仁者愛人”，是說“愛人”（即關愛眾人）是“仁”的體現，“泛愛眾”是具體行為和表現，“而親仁”是“泛愛眾”的性質和目的，“泛愛眾”和“而親仁”之間意義上有遞進、互補關系，全句是“廣泛地關愛眾人而接近仁”。如果把“仁”改成“人”，就成了“廣泛地愛人而親近人”（第8頁），“泛愛眾”和“而親人”變得意義重復了，孔子說話不會這樣羅嗦吧。所以《論語》眾多傳本都不作“親人”。把“仁”改成“人”，依據《大戴禮記》，如果《大戴禮記》引用了該句而作“泛愛眾而親人”，也算是個證據，但《大戴禮記》“親人必有方”與《論語》“泛愛眾而親仁”不是引用被引用的關系，憑借這類旁證，就改動《論語》原文，是缺乏說服力的。
還有，《論語·述而》有“舉壹隅不以三隅反，則不復也”，《校釋》作“舉壹隅而示之不以三隅反，則吾不復也。”作者按：“‘而示之 ’、‘吾’四字舊本無，據皇本、正平本及敦煌二唐寫本補”（第154頁）。其實，添補“而示之”三字殊為不經，因為“隅”是墻角，《論語》原意為“說壹個墻角如果不能明白其他三個墻角，便不再教他了。”這是孔子在打比方，所謂“舉壹隅”，是“虛”的；但加上“而示之”（即“並且給他們看”）之後，整句話的內容變成“實”的了，讓人感覺孔老夫子真的要“舉起來壹個墻角”了，不然怎麽“而示之（給他們看）”呢？所以，如此添補，使人難安。
該書《前言》中說：“特別需要指出，只有異文對校，並不能確保校出好的本子，因為異文需要裁斷，而裁斷異文，必須結合訓詁。只有在合理貫通、正確訓解的前提下，才能對異文作出合理的裁斷”（第45頁）。這話說得非常正確，足以讓所有從事古籍整理工作的學者奉為圭臬。但是，怎樣才是 “在合理貫通、正確訓解的前提下”？則有見仁見智的問題。因而“對異文作出合理的裁斷”時，是否應該把“異文”材料的時間、地域因素考慮在內？
四是對聚訟已久的《論語》校勘上的爭論，不能做到擇善而從。《論語·學而》有“未若貧而樂，富而知禮”，“貧而樂”有的版本作“貧而樂道”，有無“道”字爭議已久，東漢鄭玄所見版本為“貧而樂”，唐代陸德明的《經典釋文》號稱“多存異本”，也沒有 “道”字，而陸氏是遍列唐以前各種傳本的，他所見的版本有魏·何晏的《論語集解》和南朝梁·皇侃的《論語義疏》，說明這些版本都沒有“道”字；而主張當為 “貧而樂道”的有清代學者阮元、武億等，依據是傳世本（即國內亡佚，又從日本引進的）皇侃《論語義疏》，但是敦煌發現的幾種《論語義疏》的唐寫本中都作 “貧而樂”，沒有“道”字。所以，關於傳世本《論語義疏》有“道”字，有的學者指出其為“衍字”。（單承彬，《“貧而樂道，富而好禮”校正》，見黃懷信、李景明主編《儒家文獻研究》，齊魯書社2004年版，第108頁）綜合各種情況看，宋代以前的各類版本中，都沒有“道”字。近年發現的《定州漢墓竹簡·論語》中作“貧而樂”，據考古研究，這是西漢時期的文獻，也是現存最早的《論語》寫本，沒有經過後人的竄改，其可信度不言而喻，《校釋》把“貧而樂”改成 “貧而樂道”，實屬可商。
五是“失校”問題。既然書名“新校”，毋庸置疑，應該對近年新的研究成果有所吸收和參考，否則無法體現其“新”。可是，《校釋》對近年《論語》文本校勘方面的新成果關註不夠。例如《論語·子路》“善人教民七年，亦可以即戎矣”中“即戎”，在《定州漢墓竹簡論語》中作“節戎”，（定州漢墓竹簡整理小組，《定州漢墓竹簡論語》，文物出版社1997年版本，第62頁）“節”為“節”字繁體，與“即”形近，《周易》中也有“即戎”，馬王堆漢墓帛書《周易》中也作“節戎”，已經有學者發表論文，指出傳世的《論語》《周易》中的“即戎”當為“節戎”，“即戎”是“參加戰爭”，“節戎”是“減少兵戎之事”，這正和自稱“軍旅之事未之聞也”的孔子的政治主張相符合，《校釋》對這些新結論可以不采納，但在校語中列出來以供讀者參考則十分必要，何況這是目前發現的最早、最可信的漢墓竹簡《論語》的信息？
以上顯示，作者對《論語》原文的改動有不少是像上面指出的把“仁”改成“人”的可商之論。如果要“校出”壹部“《論語》定本”的話，這些可商之論，要麽需要慎重取舍，要麽需要補充更加有說服力的論證。