南普陀寺始建於唐末五代，初稱泗洲院。北宋僧文翠改建稱無盡巖。元廢。明初復建，更名普照寺。明末詩僧覺光和尚遷建於山前，殿堂院舍齊備，住僧常達百余眾，清初又廢於兵禍。清康熙二十三年（ 1684 年），靖海候施瑯收復臺灣後駐鎮廈門，捐資修復寺院舊觀，又增建大悲閣奉觀音菩薩，並以之與浙江普陀山觀音道場相類比，更名為南普陀寺，此後數百年來，經歷代主持景峰、省己、喜參諸和尚多次重修擴建，至民國初年，已構成三殿七堂俱全的禪寺格局，成為近代閩南最具規模的名剎。 南普陀寺歷來是臨濟喝雲派的子孫寺院。民國十三年（1924 ），喝雲派裔主持轉逢和尚將寺院改為十方叢林，並按叢林規制，推選雲門派裔會泉和尚為首任方丈。第二年，又在寺內創辦閩南佛學院。會泉和尚退任後選聘當代高僧太虛大師為繼任方丈，主辦學院。從此，海內高僧相繼往來住錫傳經，十方佛子競相入院參道修學，壹時佛門稱盛，名聞中外。 中華人民***和國建國初期，地方政府曾多次撥款維修殿宇院舍。文革十年動亂，寺院歷經浩劫。文革後，國家落實宗教政策，政府重視寺院復建。十多年來，不僅舊有殿堂翻修壹新，還新建多座樓堂亭院。現有建築總面積已超過原有將近壹倍。復辦後的閩南佛學院，規模設施也在成倍增長。古剎盛世重光，梵唄鐘磬不絕，佛苑法緣殊勝，宏法利生並傳。 建國後，壹度蹶而復振。而今，新構樓堂院舍，鱗次櫛比；重修梵宇琳宮，金碧輝煌；常住數百僧眾，梵行莊嚴；復辦閩南佛學院，教學相長。古剎新生，法運昌隆，臻歷史之鼎盛，劃時代之光輝。 南普院寺坐北朝南，依山面海而建，規模宏大，氣勢莊嚴，中軸線主建築為天王殿、大雄寶 、樂途殿、大悲殿、藏經閣；其中，天王殿位於寺院中軸線的最前端，前殿正中供奉笑容可掬的彌勒南普陀寺遠景全貌
佛，兩側立有怒目環視的四大天王，殿後有韋陀菩薩覆掌按杵而立，威武異常。 大雄寶殿是整個寺院的中心，具有典型的閩南佛殿的特點，大殿正中供奉三世尊佛高大的塑像，殿後供奉西方三聖。大悲殿呈八角形三重飛檐，中間藻井由鬥拱層層叠架而成，無壹根鐵釘，構造極其精巧；殿內正中奉祀觀音菩薩，其余各面為48臂觀音，造型優美、姿態多樣；又因閩南信眾均崇奉觀音菩薩，所以此殿香火異常鼎盛。 藏經閣是中軸線上的最高層建築，為歇山重檐式雙層樓閣，壹層為法堂，是僧人講經說法的地方，二層為玉佛 殿，內供28尊緬甸玉佛，並藏有數萬卷古今中外的佛典經書及壹些珍貴的文物。 藏經閣裏珍藏有緬甸玉佛，宋代古鐘、香爐，明代銅鑄八首二十四臂觀音清代瓷制濟公活佛以及大量佛典經書著名的有《明大藏經》《日本大藏經》等。藏經閣 後有摩崖石刻多處，其中有塊大石，鐫刻著壹個特大的“佛”字，高壹丈四寬壹丈，粗獷豪放雄健有力，為國內罕見。 此外，南普陀寺院裏還有鐘鼓樓、功德樓、海會樓、普照樓、太虛圖書館、佛學院教室、養正院、萬壽塔等建築，其中的佛學院為1925年，是國內最早的佛教學府。 南普陀寺裏有七座白玉如來佛塔和二座11層高的萬壽塔，南普陀寺匾額
那是1993年，1994年由信士捐建是萬壽塔前有個蓮花池，夏日荷花盛開時，藍天，白塔，綠葉，花海，展示這裏是分外清靜高潔的佛門凈地。 南普陀寺還有壹個吸引人的地方，那就是素齋。南普陀素菜以其清純素雅的獨特風味馳名中外，廚師調煮制作，嚴守素菜素料作的工藝，革除素菜仿制腥的傳統，以素菜素名而獨樹壹帆，既講究色.香.味，又講究形.神.器，壹道菜壹個雅名，神韻高雅，詩情畫意。其中"半月沈江"這道菜最為有名。