經：包括政教、綱常倫理、道德規範的教條，主要是儒家的典籍，有儒學十三經：《周易》、《尚書》、《周禮》、《禮記》、《儀禮》、《詩經》、《春秋左傳》、《春秋公羊傳》、《春秋谷梁傳》、《論語》、《孝經》、《爾雅》、《孟子》。專門研究經類的學問，成為經學。
史：包括各種體裁的歷史、地理和典章制度著作，分為正史、編年、紀事本末、別史雜史、詔令奏議、傳記、史鈔、載記、時令、地理、職官、政書、目錄、史評十五類。
子：包括諸子百家及釋道宗教著作，分為儒家、兵家、法家、農家、醫家、天文算法、術數、藝術、諸錄、雜家、類書、小說家、釋家、道家十四類。
集：包括歷代作家個人或多人的散文、駢文、詩、詞、散曲等的集子和文學評論、戲曲等著作，分為楚辭、別集、詩文評、詩詞五類。
編纂四庫全書時曾銷毀了許多對清朝不利的書籍，據統計為壹萬三千六百卷。焚書總數，15萬冊。銷毀版片總數170餘種、8萬餘塊。除了焚毀書籍，還系統的對明代檔案進行了銷毀。目前明代檔案僅三千余件，主要是天啟、崇禎朝兵部檔案，也有少量洪武、永樂、宣德、成化、正德、嘉靖、隆慶、萬歷、泰昌朝的官方文書。