壹些學者指出湯斌的《明史稿》涉嫌抄襲方象瑛所撰的明史稿，“如方象瑛所撰稿多與湯斌所撰者相同，因湯斌為總裁，可能（利用職務之便）刪改方稿入之潛庵史稿中。……且其所撰，與湯潛庵擬稿相比，皆較簡單，以知湯稿實為增改之作。凡此皆據李氏（晉華）《纂修考》之言。（中州古籍出版社1982年版 劉節編著《中國史學史稿》）
雍正十年（1732年），湯斌入祀“賢良祠”。這時正處於滿清“文字獄”酷烈的時期，清朝統治者為了強化在思想領域的統治，企圖通過暴力手段，來撲滅漢族人民的反抗意識，將呂留良開棺戮屍，大批漢人遭到逮捕迫害。呂留良是與湯斌同時代的明末清初知名理學家，但與湯斌不同的是在明亡後誓死不仕清朝，隱居山林，落發為僧，並銳意著述，曾有詩句“清風雖細難吹我，明月何嘗不照人”而引起滿清統治者的仇恨。而湯斌是率先入仕滿清政府的漢人高級知識分子，並在其任職期間大力推行滿清所倡導的文化政策，曾在江蘇以“掃黃”的名義封殺坊間出版物等反清言論，所編修的《明史稿》也符合滿清統治者的口味。清政府為了強化“文字獄”的成果，去世45年後的湯斌又被雍正皇帝樹立為榜樣表彰並入祀賢良祠。
清朝經過“文字獄”的大肆封殺和血襲，只有象湯斌、楊名時之類絕對臣服並全心全意為之歌功頌德的少數漢人才得行其道。明清之際，漢族典籍飽經滿清禁毀、抽毀，留下了滿目瘡痍的慘狀，而滿清典籍，則多借重修之名予以刪改。因此，面對史事，檢索典籍，則往往不是闕如，就是片面，甚或歪曲。因此魯迅壹言道破，天下後世若披覽《四庫全書》之類，“永不會覺得我們中國的作者裏面，也曾經有過很有些骨氣的人”。
當今學界躁急浮華，迎合功利，於中國歷史有“戲說”、“謾說”、“歪說”等等，不壹而足。不僅缺乏學術責任，也同時缺乏應有的社會道德責任。如在國家重修《清史》之際，就有人提出要肯定吳三桂降清，貌似學術“創新”，而實為解構中華民族的道德體系，這種理論發展下去的結果就是為汪精衛等“曲線救國”人士平反。縱觀世界各個國家，不僅日本和俄羅斯，就連美國這種高度民主和重視個體生命的國家，在涉及民族和國家根本利益的立場上都是絕對強硬和嚴格的，這是作為壹個好人的道德底線。“肯定吳三桂降清”的言論不僅與國家現行的道德水準要求相去甚遠，而且亦將淪喪中華民族千百年得以形成的愛國主義精神。痛定思痛，可以想象，在中華民族的各個朝代都騰躍過鮮活的生命和錚錚鐵骨，絕非現在的影視界所充斥睜眼就能看到的所謂的“康乾盛世”才存在過。
值得壹提的是，湯斌、於成龍等作為當時漢族高級知識分子的代表，率先應招入仕滿清，壹改當時宿儒大家不仕清朝的先例，再加上湯斌所參修的《明史稿》也比較符合清朝後來“文字獄”打壓漢民族文化政策的要求。所以湯斌被後來的清朝統治者刻意樹立為大儒高官的後世楷模令漢人效仿，以期達到從根本上收攏漢人的政治目的。而與他同時代的顧炎武（1613—1682）、黃宗羲（1610年—1695年）、萬斯同（1638～1702）、朱之瑜（1600～1682）等人則都是些學以致用的抗清名士，與這些高尚民族氣節的義士相比，湯斌的理學就顯得生命力不足，難以致用了。而且湯家也是受過明代國恩的世家舊族，其本人所受的基礎教育也是在明代進行的，從這種民族大視野來看湯斌的思想裏是有投機生存意識存在的，我們不能盲目地去膜拜效仿。
近代鄒容在《革命軍》壹文中說：“人中雖賢如楊名時、李紱、湯斌等之馴靜奴隸，亦常招譴責挫辱，不可響邇”，可見雖貴為“馴靜奴隸”，但仍要遭受滿清統治者的歧視。從清朝長達近三百年的統治史看，服務於清朝統治者的臣子與統治者的關系並不能等同於中國傳統意義上“君”與“臣”的關系，唯唯諾諾，更象是“奴才”和“主子”的關系，就連滿、漢官員的比例和權重配置比歷史上各個朝代都懸殊得驚人。這對於今天需要重塑民族自信心來實現中華民族偉大復興時代的人來說是需要有所認識和警醒的，是值得反省的深層次問題。
《湯斌墓誌銘》現保存在商丘市博物館內，由其鄉人田蘭芳撰文、吳學顥篆刻，兩人都是平民儒者，層次和級別顯得比較低，似乎不符合禦祭禦葬的體例和標準，可見湯斌去世前後的地位和影響力並沒有後來所刻意宣傳拔高的那樣尊崇。