數獨前身為“九宮格”，最早起源於中國。
數千年前，我們的祖先就發明了洛書，其特點較之現在的數獨更為復雜，要求縱向、橫向、斜向上的三個數字之和等於15，而非簡單的九個數字不能重復。
中國古籍《易經》中的“九宮圖”也源於此，故稱“洛書九宮圖”。
而“九宮”之名也因《易經》在中華文化發展史上的重要地位而保存、沿用至今。
1783年，瑞士數學家萊昂哈德·歐拉發明了壹種當時稱作“拉丁方塊”（Latin Square）的遊戲，這個遊戲是壹個n×n的數字方陣，每壹行和每壹列都是由不重復的n個數字或者字母組成的。
19世紀70年代，美國的壹家數學邏輯遊戲雜誌《戴爾鉛筆字謎和詞語遊戲》（Dell Puzzle Mαgαzines）開始刊登現在稱為“數獨”的這種遊戲，當時人們稱之為“數字拼圖”（Number Place），在這個時候，9×9的81格數字遊戲才開始成型。
填充完整後1984年4月，在日本遊戲雜誌《字謎通訊Nikoil》（《パズル通信ニコリ》）上出現了“數獨”遊戲，提出了“獨立的數字”的概念，意思就是“這個數字只能出現壹次”或者“這個數字必須是唯壹的”，並將這個遊戲命名為“數獨”（sudoku）。
壹位前任香港高等法院的新西蘭籍法官高樂德（Wayne Gould）在1997年3月到日本東京旅遊時，無意中發現了。
他首先在英國的《泰晤士報》上發表，不久其他報紙也發表，很快便風靡全英國，之後他用了6年時間編寫了電腦程式，並將它放在網站上，使這個遊戲很快在全世界流行。
從此，這個遊戲開始風靡全球。
後來更因數獨的流行衍生了許多類似的數學智力拼圖遊戲，例如：數和、殺手數獨。
中國大陸是在2007年2月28日正式引入數獨. 2007年2月28日，北京晚報智力休閑數獨俱樂部(數獨聯盟sudokufederation前身)在新聞大廈舉行加入世界謎題聯合會的頒證儀式，會上謎題聯合會秘書長皮特-裏米斯特和俱樂部會長在證書上簽字，這標誌著北京晚報智力休閑俱樂部成為世界謎題聯合會的39個成員之壹，這也標誌著俱樂部走向國際舞臺，它將給數獨愛好者帶來更多與世界數獨愛好者們交流的機