根據上述職責，自治區新聞出版局（版權局）設8個內設機構。
（壹）辦公室（政策法規處）
綜合協調局機關行政事務工作；負責文電、會務、機要、信息、檔案、翻譯、修誌、督查、保密等機關日常工作以及政務公開、新聞發布、來信來訪、信息化建設等工作；起草新聞出版、著作權管理的法規規章草案；承辦自治區新聞出版局行政處罰和行政強制文書的審核工作，承辦自治區新聞出版局行政處罰聽證、行政復議和行政應訴事項；承擔局機關重要文件起草和重大調研工作。
（二）綜合業務處
組織協調自治區新聞出版局行政審批工作；承辦出版（含互聯網出版）單位、有關出版物復制單位和總發行單位設立、變更的審核工作；承辦新辦報紙、期刊、媒體分支機構及報刊變更的審核工作；對網絡文學、網絡書刊和遊戲出版物的網上出版發行進行前置審批，對開辦手機書刊、手機文學業務進行審批；承辦設立中外合資、合作和外商獨資出版物分銷企業以及出版物進口單位的審核工作；承擔自治區新聞出版行政審批改革工作。
（三）出版產業發展處（財務處）
研究擬訂自治區新聞出版業發展改革的方針政策；擬訂新聞出版業和印刷業的發展規劃、調控目標和產業政策；制定自治區印刷業總量、結構、布局規劃並組織實施；承擔全區報業、出版和發行集團改革方案的起草等工作；負責機關財務、直屬單位行政事業經費、專項資金和內部審計工作；負責新聞出版系統的統計工作。
（四）新聞報刊處
擬定自治區報紙和期刊總量、結構、布局規劃並組織實施；負責對報紙（報社）和期刊（刊社）出版活動的監管；承辦報紙和期刊重大選題的備案工作；組織對報紙、期刊內容的審讀和輿情分析工作；調控報刊結構和刊號總量；承擔自治區新聞單位記者證的審核、發放、備案和管理工作；承擔自治區報刊社、通訊社分支機構和記者站的監管，組織查處新聞違法活動。
（五）圖書出版管理處（科技與數字出版處、自治區古籍整理出版規劃辦公室）
擬訂自治區圖書、音像、電子出版單位總量、結構、布局規劃和互聯網出版、數字出版發展規劃、管理措施並組織實施；承辦出版單位年度出版計劃和重大選題的備案工作；組織指導自治區重要文件文獻、重點出版物和教科書的出版工作；對網絡和數字出版的出版內容、出版活動實施監管，對網絡文學、網絡書刊和開辦手機書刊、手機文學業務進行監管；審查自治區進口的音像制品；負責對出版境外著作權人授權的電子出版物、互聯網遊戲作品進行審核；組織調控自治區出版物品種及書號、版號總量；擬訂自治區新聞出版業科技發展規劃，組織協調新聞出版業科技進步工作；指導對從事出版活動的民辦機構的監管工作；承擔自治區古籍整理出版的組織協調工作。
（六）印刷發行管理處
擬定自治區出版物印刷、復制、發行單位總量、結構、布局規劃；負責對出版物的印刷、復制和發行進行監管，組織查處嚴重違規出版物和違法違規出版活動；承辦國家限制進口印刷設備的審核工作；組織指導自治區重要文件文獻、重點出版物和教科書的印制、發行工作；組織實施農家書屋、社區書屋工程，推進新聞出版領域公***服務。
（七）版權管理處（對外交流與合作處）
擬訂自治區著作權管理、保護和使用的政策；組織推進自治區軟件正版化工作；承辦設立自治區著作權集體管理機構審核並指導其工作；監管作品的著作權登記和法定許可使用作品的工作；組織查處著作權侵權案件；協辦著作權涉外條約有關事宜；協調涉外及涉港澳臺的著作權關系；監管涉外著作權貿易、外國作品著作權認證及作品自願登記工作；承辦自治區新聞出版和著作權方面對外及對港澳臺的交流與合作事務；承擔自治區政府間文化協定中有關新聞出版、著作權項目的執行工作；負責境外出版物來疆展覽、展銷和進口的管理工作；制定自治區出版“走出去”規劃，組織、推動出版物的出口。
（八）人事處
負責機關和直屬單位的人事管理、機構編制、教育培訓、勞動工資等工作；擬定並組織實施新聞出版行業人才隊伍建設規劃，會同有關主管部門指導從業人員職業資格管理和職業技能鑒定工作。
機關黨委負責機關和直屬單位的黨群工作。
監察室（與紀檢組合署辦公）為自治區紀委（監察廳）派出機構，負責機關和直屬單位黨的紀律檢查和行政監察工作。
離退休幹部工作處負責局機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。