《徐霞客遊記》的編輯整理和流傳，除了徐霞客家的塾師季夢良幼子李介立（徐霞客的小兒子，為徐霞客侍妾周氏所生。周氏孕後因“不容於嫡，改嫁於李”，遂名李介立，又名李寄）作出了很大貢獻外，民間藏書家的珍藏、校訂、增補，也是《遊記》得以保存和流傳的壹個重要因素。
在明、清改朝換代的政治變亂中，季夢良輯集的首部《遊記》稿本在戰火中成為灰燼。此後，季夢良再次搜集材料，又編成了壹部稿本。後來，徐霞客誌同道合的族兄徐仲昭，為使《遊記》盡早成書梓印，把這部抄本面交常熟名士宿儒錢謙益。
錢謙益，明萬歷進士，官至吏部侍部，著有《初學集》、《有學集》，編有《列朝詩選》，是當時“操海內文字之柄”的著名學者。他又是個大藏書家，曾不惜重資購聚古本，在紅豆山莊築了絳雲樓，藏書壹萬卷。錢謙益同徐霞客有過交往，深知《遊記》是霞客畢生“手攀星嶽，足躡遐荒”的考察記錄，是“世間真文字、大文字、奇文字，不當令泯滅不傳”。可惜，已屆耄耋之年的錢謙益生活窘迫，特別他那座萬卷樓剛剛被大火焚毀，《遊記》再好也無條件珍藏，更談不上刻印了。為此，他只得求助於當時全國聞名的大出版家毛子晉，寫了《囑刻遊記書》，連同稿本壹並交給了毛子晉。
毛子晉也是常熟人。他好古博覽，藏書八萬多卷，專門構建了汲古閣、目耕樓存放。還聘請文士校勘、梓印了《十三經》、《十七史》、《古今百家》及未印刷的書籍。當然，《遊記》應該是毛子晉所歡迎的書稿，但不知什麽原因未能刻印成書，卻把它讓給了獨山莫繩孫。莫也是個搜訪異本的藏書家，他把《遊記》長期珍藏在他的影山草堂裏，也始終未能刻印。後來，這部《遊記》稿本輾轉到了浙江湖州南潯鎮喜嘉業堂藏書樓。這是樓主劉承幹為擴充藏書，向江浙等地十多家藏書家收購古籍時無意中得到的。劉見了書稿，視為善本，壹直收藏在鷓鴣溪畔的書樓裏。新中國成立後，劉承幹把書樓捐贈給國家，《遊記》稿本也隨之轉到了北京圖書館。直到七十年代，壹批“徐學”研究者重新整理出版《徐霞客遊記》，才在善本特藏部發現了這部轆轉大江南北、歷時三百余載、數易書主的《遊記》稿本，這不能不說是民間藏書家的功勞。
《遊記》在藏書家們長期保存和傳抄中，還做了大量校訂、增補和梓印、刊行等工作。今天還有兩部珍藏在北京圖書館善本特藏部的《遊記》抄本，就是經藏書家們考證，充實的稿本。第壹部系江陰人楊明時抄錄、編訂的《遊記》稿本。楊為康熙進士，曾任雲貴總督，當過吏部尚書。他也著書立說，曾纂《周易折中》、《性理情義》等，乾隆時入召教授皇子，是個大學者。康熙四十八年(1707年)，他從外舅那裏獲得了《遊記》稿本，親手謄抄了壹部，寫了“序言”。不及，又得到了壹部經文祿堂趙季方、廣東番禺蔡乃煌、京師廣東學堂等收藏過的稿本。第二年，楊明時按江陰友人所藏《遊記》原本，對手頭稿本進行了校勘、考訂。經過“訂其異同，考其缺失”，對傳抄中的謬誤或同“實境不符，文意不協”之處，均加以改正，然後又壹次謄抄了壹部，並再次撰寫了“序言”。乾隆四十壹年(1776年)，徐霞客的族孫徐鎮正式梓印的木刻本《遊記》，就是以楊明時稿本為基礎的。因此，經楊校勘的《遊記》，是目前留傳下來內容完整、正確，學術價值較高的早期稿本。