1949年,1月6日第二批由招商局海滬輪於1月6日運出,1月9日到達基隆,***計3502箱(包括國立故宮博物院1680箱、中央博物院籌備處486箱、中央研究院歷史語言研究所856箱、中央圖書館462箱、北平圖書館明清輿圖18箱)。
第三批文物由昆侖號軍艦於1月29日運出,2月22日運抵基隆港,***1244箱;第三次原本計劃搬運2000箱(包括國立故宮博物院1700箱、中央博物院籌備處150箱、中央圖書館150箱),但軍艦壹到海軍部眷屬就搶先上船,杭立武只好找海軍司令桂永清解決,最後下令拆除辦公桌,但由於運輸艦艙位有限,最後只能運出1244箱(包括國立故宮博物院972箱、中央博物院籌備處150箱、中央圖書館28箱),剩下的國立故宮博物院728箱和中央圖書館28箱被迫留在南京。至此,總***有2972箱國立故宮博物院文物運臺,南京還剩11178箱故宮文物,其中大部分在五十年代運回北京故宮,剩下兩千多箱暫存南京至今。