孔廣森擅長經學中的《春秋》和《大代李記》。《春秋》是孔子為魯所作的編年史，是儒家六經之壹。後來左丘明、宮陽高、谷亮池先後為其立傳，史稱“三傳”。三傳之後，歷代學者無不訓誡。孔廣森縱觀諸子，認為“左舊學失於正南，本義失於五子。”王祖佑說，何秀芝通的《公羊》往往是“公羊”久病，其余的燕朱和趙匡的追隨者都破例，不適宜作經典，但趙方最接近。何的身體大，有思想，但這是毫無疑問的。”(《清史傳》卷六十八)。於是，他繞開各家之教，采納《左傳》和《顧良傳》，擇善而從之，寫成《春秋公羊·依桐》十壹卷，並有序言。是書主要發明了公羊傳的義例，對公羊傳的微妙含義提出了意見，如“公羊三”、“三科九旨”，與何修對《春秋公羊》的解釋有所不同。如何《12cm春秋》分三代:隱居、桓、莊、閔、諾為“世聞”，文學、張揚、成功、項為“世聞”，趙、決心、哀樂為“世見”。孔廣森認為《春秋》中，魯襄公二十三年“吾將奔”和魯二十七年“吾將奔”的用詞是壹樣的，所以應該屬於同壹代人。所以孔子出生後，即襄公二十壹年(或二十二年)，視為“所見之世”。再比如，何把宋朝看做親周，把《春秋》看做“壹科三旨”。他的所見所聞都是不同的話，傳言說的是“二科六旨”，夏天的本國和夏天的外國，夏天的外國是“三科九旨”。孔廣森認為《春秋》以天道為本，中用王法，下埋人情。這就是“三綱”，所謂天，就是指“時”、“月”、“日”。所謂“禦法”，就是指“嘲諷”、“貶損”、“絕對”。所謂“人情”，就是指“敬”、“親”、“德”，這九條就是“九旨”。此外，他還對何修《春秋公羊傳》中的錯誤進行了大量的破壞，從而形成壹家之言。《清史傳》說“皆好學深思，知其意，使目的是非不誤聖人”(《清史傳》卷六十八)。