新圖書館是壹座外觀漂亮的圓形建築。它分為兩層，每層可以容納3萬多本書。書架采用現代先進的噴漆鋼板，堅固、防銹、防蛀。二樓用於閱讀。數量增加時，二層可加10000-20000卷。這個圖書館的最大容量可以容納50000本書。在協和神學院不斷發展的過程中，協和神學院的圖書館也被列為重點發展項目，並逐步由專門人員管理。2003年3月，薛海安牧師負責收藏。2005年開始正式合理編目，實行計算機化管理。圖書館目前采用兩種圖書編目，屬於神學類(宗教類圖書)，采用美國國會圖書館分類法。在中國出版的非神學類書籍采用《中國圖書分類法》(以下簡稱《中圖法》)。
在中國大陸，大多數圖書館使用《中國圖書館分類法》，但它不適用於神學院。這與《中國圖書館分類法》對基督教缺乏詳細的分類有關，僅有的粗略分類遠遠不能滿足神學書籍的需求。因此，為了便於管理，采用了兩種分類方法。目前華東神學院圖書館也采用這種模式，而金陵神學院圖書館除了上述兩種模式外，還有自己的編目模式。神學院圖書館擁有相對專業的藏書，神學院資金和專業人才的缺乏也給壹些神學院圖書館的管理和發展帶來了壹定的困難。
隨著計算機的廣泛使用，協和神學院的圖書館也建立了計算機化的自動化管理和編目系統。目前使用的是《英美編目規則》和《中國文獻編目規則》。圖書館管理系統可以同時支持“USMARC”和“CNMARC”，使圖書館逐步走向規範化和標準化，為圖書館未來的發展奠定了重要基礎。目前截止2010六月，藏書接近3萬冊。在藏書中，宗教書籍占70%，而哲學和其他學科的書籍占30%。圖書館的許多其他工作是訓練壹些學生做誌願者工作。誌願者學生主要負責:借閱和歸還登記、排架、報刊分類、打印書簽、貼分類標簽，有的還能幫忙做編目等繁瑣的工作。
協和神學院的圖書館現在已經實行了標準化編目，對館藏和圖書采購更加清晰。缺什麽樣的書，什麽樣的書不足，哪些書會復讀，壹目了然。買書的時候壹般是根據老師提供的書單，根據教學的需要，學生比較喜歡某個主題的書，關註各個出版社新出版的書。大多數書都是在香港買的。
圖書館采用開放式管理模式，壹般在館內借閱無需登記，在館外借閱需要登記。學生們經常在圖書館寫論文，圖書館開放時間很長，從早上8: 30到晚上10。大多數學生喜歡閱讀與他們的學習主題相關的報紙、期刊和書籍。圖書館裏也有很多英語書，但是利用率不高。神學院圖書館很重要，尤其是在中國教會提倡神學思想建設的今天，圖書館需要有豐富的藏書和相關書籍。尤其是在基層教會工作的牧師，通常很難接觸到足夠的書籍和信息，很難有實質性或學術性的內容。未來，我們希望擴大服務範圍，不僅為神學院的師生服務，也為各地教會的牧師和同工服務。現在我們已經仔細收集了有關中國當地文化、習俗和民間信仰的書籍。因為教會要想融入中國的社會，就必須對中國文化有充分的了解，這對促進中國教會建立自己的神學思想有很大的幫助。由於圖書館的局限性，圖書館的藏書也有壹定的側重點。特別是近年來，圖書館精心收藏、裝訂了壹些以神學思想建設為主題的畫冊和文章。目前，圖書館重點收藏廣東各地教會的資料，包括廣東各教會的點點滴滴的資料，新教會落成特刊。這些都反映了改革開放後廣東教會的發展，也反映了中國教會在這壹特殊歷史時期的發展。由於神學院圖書館規模較小，每個圖書館都應該有自己的特色，廣東協和神學院的圖書館未來應該會有自己的獨特性。
有壹次，香港崇真會會長和壹個德國來的研究生去協和神學院圖書館找神學思想建設的資料，想寫論文的資料都能找到滿意的。與其他大學的藏書相比，協和神學院的藏書遠遠不夠。然而，神學院可以是專業圖書館。
協和神學院圖書館未來的發展目標是實現網絡化，為以會員制形式為教會服務的神職人員和俗家信徒提供資源。通過電腦可以實現異地借貸，也可以通過快遞提供借貸。這可以滿足信徒對精神知識日益增長的需求，使圖書館發揮更大的作用。