代表性著作
2003《福建杉洋村落碑銘》香港：華南研究出版社1991《社會場論》北京：團結出版社。
代表性論文
2002<從象征生產到制度實現——陽村土改中劃階級的象征資本再生產>,載《清華社會學評論》，2002年第壹卷，第壹期。
2001〈象征資本的再生產〉，《社會學研究》2001年第三期。
2001〈民族誌的回顧與反思〉，文思理著，張小軍譯，《清華社會學評論》，2002年第壹卷，第壹期。
2000〈佛寺與宗祠：泉州開元寺的歷史個案研究〉，載《傳統與變遷——華南的認同和文化》，北京：文津出版社。
1999〈文化的經營：福建陽村李氏宗祠「復興」的研究〉，載《經營文化香港商務印書館1999年（即將出版）。
1999〈宗族結構關系的再思考〉，載《中國家庭及其倫理》，臺灣：《漢學研究》雜誌出版。
1998〈理解中國鄉村內卷化的機制〉，香港：《二十壹世紀》1998年2月號（總第45期），P150－159。
1998〈田野影像的民族誌－－宗族「復興」中的歷史重構〉，香港：《香港人類學》總第11期。
1998〈天後北傳與歷史再造－－北方天後廟的田野考察〉，博士後研究論文，載《天後廟與媽祖崇拜》（論文集，正在編輯出版）。
1996〈女性與宗族〉，香港：《二十壹世紀》1996年10月號（總第37期），頁150-59。
1995〈儒家何在？－－華南人類學田野考察〉，香港：《二十壹世紀》1995年6月號（總第29期），P149-157。
1994〈民間信仰復興與地方文化重構〉，香港：《香港人類學》,第七期，頁13-19。
1992DragonBoatFestival(VideoTape《端午節》錄象片).Co-directedwithZhuangKongshao,Seattle:UniversityofWashingtonPress（西雅圖：美國華盛頓大學出版社出版）。
1992〈社會場的吸引進化〉，北京：《中國人民大學學報》，第二期，頁106-111。
1991〈蒿洋民間宗教與信仰壹瞥〉，濟南：《民俗研究》，第3期，頁60-63。
1991〈東西方文化的興衰與自組織社會學研究〉，成都：《社會科學研究》，第6期，頁68－70。
1991〈中國現實文化選擇中的知識分子〉，《青年思想家》，第壹期，頁77-81。
1989〈北方壹個漢族村落的社會文化變遷〉，（與莊孔韶）《漢民族研究》（第壹輯），廣西人民出版社。
1989〈本土方法學芻議〉，北京：《社會學與社會調查》，第五期。
1988〈人格現代化〉，北京：《中國人民大學學報》，第五期，頁102-108。1987〈社會系統認識論的幾個問題〉，鄭州：《大學文科園地》（鄭州大學文科學報），第二期。
1987〈城鄉社區的三種融合模式〉，上海：《社會科學》1987年第十壹期。1986〈社會學中的系統哲學〉，上海：《社會科學》1986年第十二期。
近年主要學術發表（2000年以來）
1、主要論文
（1）English:
2012 Lineage and Family, Chinese Society – Change and Transformation, edited by Li Peilin, London and New York: Routledge.
2007 Collective Memory of the “Pagodatree”: Cultural Informator in Social Transformation. With Xu Jing，Cognitive Science International workshop. Washington University and Tsinghua University.
2006 Water，Deity and Power: A case study of water temples in Shanxi province。SEAA Conference，July 2006.
2005 Gongde Temples and Fujian Local Religion since Song Dynasty. IAHR Conference, March,2005.
2004 Land Reform in Yang Village: Reproduction of Symbolic Capital and the Determination of Class Status. Modern China 30(1):1-48, Jan.2004. (SSCI)
2004 Symbolic Land Rights in Its Cultural Economic Context： A Case Study of Yang Village, Fujian. Social Sciences in China，winter, 2004, pp41-54.
2002 Ancestral Hall and Buddhist Gongde Temple. Chinese Sociology and Anthropology. Vol.34, No.3, pp28-48. (SSCI)
（2）中文（部分）：
2012 人類學研究的文化範式——“波粒二象性”視野中的文化與社會，《中國農業大學學報》2012年第2期。（CSSCI）《社會學》2012.9（中國人民大學復印報刊資料全文轉發） （CSSCI）
2012 為何他鄉成故鄉？——大槐樹傳說之集體記憶的民族主義建構。載《中國人類學》，2012年第1期。
2012 文治復興與禮法變革——祠堂之制和祖先之禮的個案研究。《清華大學學報》，2012年第2期。（CSSCI）《社會學》2012.7（中國人民大學復印報刊資料全文轉發）（CSSCI），上海《高校文科學術文摘》2012.3全文轉發。《社會學報》2012.2全文轉發。
2012 歷史人類學與中國研究，《人類學講堂》（第壹輯），潘蛟主編，知識產權出版社。
2012 宗族與中國社會，《人類學講堂》（第二輯）潘蛟主編，知識產權出版社。
2012 讓文化擁有自由——法國布列塔尼文化遺產保護考察隨筆〈社會學家茶座〉2012年6期。
2010 “被族群”：麗江古城的文化保護困境。載《中國社會科學報》2010.9.2.
2009 中國12村貧困調查——曉銳村，張小軍、馬亞萍、朱宇晶。載《中國12村貧困調查》（甘肅、內蒙卷），張小軍、馬春華主編。社科文獻出版社。
2009 中國12村貧困調查——乾分村，張小軍、馬亞萍、朱宇晶。載《中國12村貧困調查》（甘肅、內蒙卷），張小軍、馬春華主編。社科文獻出版社。
2009 人類發展理念下的貧困問題反思，載《中國12村貧困調查》（理論卷），王曉毅主編，社科文獻出版社。
2009 鹹與權：歷史上自貢鹽業的市場分析，《清華大學學報》2009第二期。（人大報刊復印資料2009年第6期轉載）
2009 實踐史:壹個歷史人類學的研究視角——以民間信仰研究為例，載《誰的信仰，誰的空間？》，復旦大學文史研究院編，上海古籍出版社。
2009 電影《色·戒》鑒賞的文化實踐，載《異文化與多元媒體》，喬健主編，臺北：世新大學出版中心。
2008 宗族與家族，載《社會學與中國社會》，社科文獻出版社。
2008 文化生態與文化環保，載《綠葉——傳統文化與現代化專輯》，中國環境文化促進會編。《中國社會科學文摘》2008年12期轉摘。
2007 復合產權：壹個實質論和資本體系的視角——山西介休洪山泉的歷史水權個案研究，《社會學研究》，2007年第4期。
2007 愛的實踐：艾滋病防治中的社會性別主流化。與許晶合作，載張小軍主編《文化的挑戰——文化全球化和社會發展的本土思考》，香港：中國世紀出版集團有限公司。
2007 秩序剝奪與城市底邊階級的形成，喬健主編《底邊階級與邊緣社會》，臺北：立緒文化事業有限公司。
2007 歷史人類學：壹個跨學科和去學科的視野。《清華歷史講堂初編》，三聯書店2007年。
2007 遺存還是遺產？——簡論文化全球化中的“文化遺產”困境，《中國非物質文化遺產保護研究》（上），北京師範大學出版社。
2006 產權改制與城市底邊階級的形成——兼論科斯逆定理與產權定理。臺灣第七屆（2003-2006）大學講座計劃“底邊階級的傳統與現代”會議論文（2006.5.臺北）。
2006 跨學科與去學科：人類學的三個視角，《光明日報》（理論版）2006年3月28日第12版。
2006 認知人類學淺談，《光明日報》（理論版）2006年11月。
2006 社會圍繞“現代化”和經濟中軸安排的弊端，《中國與世界觀察》，2006年第1期。
2006 人類發展和遺產保護事業中的鄉村旅遊。世界旅遊組織：《“鄉村旅遊國際論壇”論文集》。
2006 《陜山地區水資源與民間社會調查資料集》補遺七則，張小軍、蔔永堅、丁荷聲，《華南研究資料中心通訊》第42期。
2005 《城市貧困的制度思維〉，張小軍、裴曉梅，《江蘇社會科學》，2005年第6期。
2004 《象征地權與文化經濟——福建陽村的歷史地權個案研究》，《中國社會科學》，2004年第3期。
2003 《歷史的人類學化和人類學的歷史化》，《歷史人類學學刊》1(1):1-28。
2003 《陽村土改中的象征資本再生產》，《中國鄉村研究》，總第二輯，商務印書館。
2003 《導言》，李孝聰、鄧小南、筱君（張小軍），載黃竹三、馮俊傑編著，《洪洞介休水利碑刻輯錄》,中華書局。
2003 《民族誌方法論的互補性》，《文化人類學理論新視野》（論文集），香港：國際炎黃文化出版社。
2002 《宗族化中的功德寺院》，《臺灣宗教研究》第二卷，第壹期。
2002 《陽村的境社與宗族》，《民俗曲藝》（宗教與地方社會專輯II），總第138期。
2002 《雙重部門與影子國家——平昌源神廟水碑文的田野考察》，《擴展中的公***空間——中國第三部門研究年鑒2001年》，天津人民出版社。
2002 《宗族與地方老人政治》，《當代中國農村與鄉村治理》，肖唐鏢等主編，西北大學出版社。
2000 《傳統文化生產中的象征性實踐》，《清華社會學評論》2001年，第壹期。
2001 《象征資本的再生產——從陽村宗族論民國基層社會》，《社會學研究》，2001年第三期。
2000 《佛寺與宗祠：泉州開元寺的歷史個案研究》，載《傳統與變遷——華南的認同和文化》，北京：文津出版社。
2000 《銀翅：中國本土的現象學？》，《清華社會學評論》，2000年創刊號。
2、著作：
2004 《藍田》。北京：三聯書店（國際書號：ISBN7-108-01969-8/K·416）
2003 《福建杉洋村落碑銘》。張小軍、余理民，香港：華南研究出版社（國際書號：ISBN 962- 5273-6-3）
3、主編：
2009 《中國12村貧困調查》（甘肅、內蒙卷），張小軍、馬春華主編。社科文獻出版社。
2009 《中國12村貧困調查》（江西、雲南卷），張小軍、譚深主編。社科文獻出版社。
2007 《文化的挑戰——文化全球化和社會發展的本土思考》，張小軍主編，香港：中國世紀出版集團有限公司。
2007 《能力與貧困——中國城市貧困的個案研究》，張小軍、裴曉梅主編，香港社會科學出版有限公司。
2002 《歷史與社會》（第七冊）。張小軍主編。教育部九年義務教育試驗教材。人民教育出版社。ISBN 7-107-16201-2/G·9291
2001 《清華社會學評論》，2001年第壹期。執行主編。北京友誼圖書出版公司。
2001 《傳統與變遷——華南的認同和文化》，陳誌明、張小軍編，北京文津出版社。
4、學術隨筆和翻譯
2010 中山先生論房地產，《社會學家茶座》2010年第5期。
2009 大湖人家，《社會學家茶座〉2009年第1期。
2008 統壹與多樣化，載《這個世界，我們的——中歐思想者越洋對話》，中國傳媒大學出版社。
2008 印加文明和生態悲劇，《社會學家茶座》，2008年第6期。
2008 南美第壹古跡——馬丘比丘，《社會學家茶座》，2008年第5期。
2008 利馬印象，《社會學家茶座》，2008年第4期。
2007 二分陷阱與中國本土思想，《社會學家茶座》，2007年第1期。
2006 誰在侵蝕中國文化的靈魂？《環球時報》第1180期，2006年6月13日第13版。
2004 《反抗還是***謀——阿米巴效應和人類變形蟲》，《社會學家茶座》，2004年第三期。
2003 《未畫句號的〈人類責任憲章〉》，《回顧與前瞻：建立壹個協力盡責和多元的世界的對話》，歐洲梅耶人類進步基金會。
2000 《從王安石變法看官民關系》，《社會學家茶座》2002年第壹期。
2001 《民族誌的回顧與思考》，文思理著，張小軍譯，《清華社會學評論》，2001年第壹期。
2000 《劃：話，化——江西人類學田野考察隨筆》，《二十壹世紀》，2000年6月號。
近年主要研究項目課題（2000年以來）:
2010-2012 清華大學自主科研項目：美沙酮療法戒毒的社會學和生理學綜合評估指標研究，負責人；
2009-2010 國家科技重大專項課題（科技部2008ZX1000103）:《我國艾滋病流行規律、疫情評估和預測方法研究》子項目：中國艾滋病傳播模式、幹預力度和感染率定量關聯模型的研究，項目負責人；
2009 世界宣明會：雲南永勝扶貧綜合項目專項評估，項目負責人；
2008 世界宣明會：陜西商洛扶貧綜合項目中期評估，項目負責人；
2007-2008 世界銀行貸款項目：貴州文化遺產保護與發展項目——社會影響評估項目，技術負責人；
2007 世界宣明會：甘肅臨夏扶貧綜合項目中期評估項目，項目負責人；
2007 清華大學艾滋病防治政策研究中心項目：中國艾滋病社會影響態勢指數體系研究，項目負責人；
2006 衛生部：第四輪全球基金艾滋病項目：社會性別主流化研究報告——貴州省，項目負責人；
2005-2007 清華大學亞洲研究中心項目：“在人類發展理論下反思全球化對中國社會的影響”，課題負責人；
2005-2006 世界銀行和中國社科院合作研究項目：“走出貧困：中國貧困的定性研究”，甘肅子項目負責人；
2005 DFID：中英艾滋病項目：四川涼山州政策支持項目，項目負責人；
2003-2005 國家社科基金辦公室：國家社科基金項目：北京、重慶、沈陽及蘭州四城市貧困人口生活形態研究，課題負責人；
2004-2006 教育部：全國教育科學“十五”規劃重點課題：貧困地區義務教育和兒童失學問題的系統性研究，課題負責人；
2004 英國國際發展部（DFID）與北京社科院社會發展資源中心項目：“社會發展的理論”，研究項目負責人；
2002-2003 英國國際發展部（DFID）項目：甘肅臨夏義務教育項目評估，項目負責人；
2001-2004 北京市哲學社會科學“十五”規劃項目：北京市城市貧困人口的性別、家庭和下崗因素研究，課題負責人；
2002 英國國際發展部（DFID）項目：甘肅貧困地區失學問題研究，項目負責人；
2000-2002 法國遠東學院：中、法合作研究項目：水利與民間組織，山西介休子課題負責人。