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現有中文系、歷史系、哲學系、人類學與民族學系四個系,設有人類博物館和中國語言文學研究所、歷史研究所、人類學研究所、比較文學與世界文學研究所、美國史研究所、哲學研究所、宗教學研究所、古籍研究所等8個研究所及漢語語言學研究中心、戲劇影視與藝術學研究中心、東南亞華文文學研究中心、語言技術中心、漢語言文字應用和推廣研究中心、中國社會經濟史研究中心、中國海關史研究中心、道學與傳統文化研究中心、佛學研究中心、海洋考古學研究中心、海洋文明與戰略研究中心、旅遊人類學研究中心、閩商研究中心、知識論與認知科學研究中心、歷史文獻研究中心、知識論與認知科學研究中心16個研究中心。