章培恒先生主要學術成果，大致可分為三類： 壹是歷年發表的壹百余篇論文，大多已收入《獻疑集》（嶽麓書社，1993）、《災棗集》（山東友誼出版社，1998）和《不京不海集》（復旦大學出版社，2003）三書中；
二是以專著形式發表的《洪升年譜》（上海古籍出版社，1979）、《中國文學史》（主編之壹兼作者，復旦大學出版杜，1996）和《中國文學史（新著）》（第壹主編兼主要作者，上海文藝出版社，1998）；
三是由他單獨主持或與其他專家***同主持的大型集體項目如《辭海》的中國古代文學分科、《新編明人年譜叢刊》等。 1979年出版專著《洪升研究》，對清初戲劇家洪升的生平作了系統的考訂和研究，受到學術界的高度評價，該書獲上海市哲學社會科學優秀著作獎和中國戲劇家協會理論著作獎。
章培恒教授與駱玉明教授***同主編了《中國文學史》，1996年由復旦大學出版社出版，在學術界和讀書界引起了較強烈的反響，被認為是中國文學史研究上的壹種突破。 後又編成《中國文學史新著》（上海文藝出版社，1998），從人性發展的視角對中國文學史進行描述，被認為是中國文學史研究上的突破，具有廣泛影響。
1985年編纂《全明詩》（集體科研項目），上海古籍出版社陸續出版。1979年修訂《辭海》他擔任分科主編（負責中國古代文學學科）和編委。合編大型叢書《古本小說集成》（上海古籍出版社出版）和 《近代小說大系》（江西人民出版社出版）。主編《文史名著選譯叢書》（巴蜀書社出版），《中國禁書大觀》（上海文化出版社出版），其中的《中國禁書簡史》 （己由日本新潮社出版日譯單行本），《新編明人年譜叢刊》復旦大學出版社出版。 論文大致可分為兩類：
壹類是考證性的，其所提出的看法大都與學術界占主導地位的見解有相當大的距離，如關於百回本小說《西遊記》的作者，解放後的中國研究學者都已肯定為吳承恩，他卻認為吳承恩所作《西遊記》為遊記性質的作品而非通俗小說，發表了《百回本<西遊記>是否吳承恩所作》等幾篇論文加以論證。中國現已有部分研究者接受他的觀點。此類論文中的大部分收入其論文集《獻疑集》，於1993年由嶽麓書社出版。該書曾先後獲上海市哲學社會科學優秀著作二等獎和國家教委哲學社會科學優秀著作壹等獎。
另壹類論文是對中國文學史上的重要現象重新加以剖析（上起先秦，下迄近代）。其所得出的結論，或為以前的研究者所未嘗言及，或與流行的見解相歧異。前者如《金聖嘆的文學批評》、《中華文史論叢》 第三輯，與人合作），聯系金聖嘆的哲學思想以研究其文學批評，為前人所未及；後者如《李夢陽與晚明文學新思潮（日本《古田敬壹教授退官紀念中國語言文學論集》），將李夢陽作為晚明文學新思潮的先驅，與通常把李夢陽僅僅視為晚明文學新思潮的批判對象的觀點大相徑庭。這些也都為同行所重視。
論《紅樓夢》的思想內容（《復旦學報：社會科學版》1964年01期）
論晚清譴責小說的思想傾向（《學術月刊》1964年12期）
論黃遵憲的詩歌創作（《學術月刊》1966年04期）
再論李賀詩歌與形象思維——答王文生同誌（《復旦學報：社會科學版》1979年04期）
關於洪升生平的幾個問題——讀《洪升研究》（《復旦學報：社會科學版》1980年03期）
關於屈原生平的幾個問題（《學術月刊》1981年10期）
李夢陽的壹個側面——古文辭的平民性（吉川幸次郎、章培恒，《文藝理論研究》1982年02期）
《儒林外史》原書應為五十卷（《復旦學報：社會科學版》1982年04期）
施彥端是否施耐庵（《復旦學報：社會科學版》1982年06期）
《儒林外史》原貌初探（《學術月刊》1982年07期）
論《金瓶梅詞話》（《復旦學報：社會科學版》1983年04期）
百回本《西遊記》是否吳承恩所作（《社會科學戰線》1983年04期）
對中國古典文學研究的展望（《復旦學報：社會科學版》1984年05期）
關於嘉靖本《三國誌通俗演義》小註的作者（《復旦學報：社會科學版》1985年03期）
再談百回本《西遊記》是否吳承恩所作（《復旦學報：社會科學版》1986年01期）
再談《金瓶梅詞話》的寫作時代（《復旦學報：社會科學版》1986年02期）
李夢陽與晚明文學新思潮（《安徽師範大學學報：人文社會科學版》1986年03期）
關於魏晉南北朝文學的評價（《復旦學報：社會科學版》1987年01期）
再論魏晉南北朝文學的評價問題——兼答劉世南君（《復旦學報：社會科學版》1988年02期）
明代的文學與哲學（《復旦學報：社會科學版》1989年01期）
從《詩經》、《楚辭》看我國南北文學的差別（《中國文化》1989年01期）
關於《水滸》的郭勛本與袁無涯本（《復旦學報：社會科學版》1991年03期）
被妻子所棄的詩人——《南陵別兒童入京》與李白的婚姻生活（《中國典籍與文化》1992年01期）
研究近代文學 首先須研究近代詩（《蘇州大學學報：哲學社會科學版》1992年02期）
《封神演義》作者補考（《復旦學報：社會科學版》1992年04期）
神聖憂思錄:雜談中國戲曲的前景——以昆曲、京劇為中心（《上海戲劇》1994年01期）
從遊俠到武俠──中國俠文化的歷史考察（《復旦學報：社會科學版》1994年03期）
說“沖冠壹怒為紅顏”（《上海文學》1995年06期）
關於現存的所謂“宋話本”（《上海大學學報：社會科學版》1996年01期）
關於中國文學史的思考（章培恒、駱玉明，《復旦學報：社會科學版》1996年03期）
論五四新文學與古代文學的關系（《復旦學報：社會科學版》1996年04期）
中國詩歌裏的酒（《中國典籍與文化》1997年02期）
關於李陵《與蘇武詩》及《答蘇武書》的真偽問題（章培恒、劉駿，《復旦學報：社會科學版》1998年02期）
20年來的巨大成就——中國文學學科的回顧與瞻望（《思想理論教育導刊》1998年Z2期）
關於中國文學史的宏觀與微觀研究（《復旦學報：社會科學版》1999年01期）
人性、美感及文學的發展（章培恒、駱玉明，《文學報》2000年6月1日）
從“論”說“史”……（《文學報》2000年7月6日）
今天仍在受淩辱的偉大逝者（《魯迅研究月刊》2000年12期）
關於中國現代文學的開端──兼及“近代文學”問題（《復旦學報：社會科學版》2001年02期）
傳統與現代：且說《玉梨魂》（《中國現代文學研究叢刊》2001年02期）
關於《三國演義》的黃正甫本（《上海師範大學學報：哲學社會科學版》2001年05期）
關於五卷本《東坡誌林》的真偽問題——兼談十二卷本《東坡先生誌林》的可信性（章培恒、徐艷，《南京師範大學文學院學報》2002年04期）
《玉臺新詠》為張麗華所“撰錄”考（《文學評論》2004年02期，第5～17頁）
關於《古詩為焦仲卿妻作》的形成過程與寫作年代（《復旦學報：社會科學版》2005年01期）
必須重視漢語言文字的發展特點——談壹種關於寫作的無理要求和批評（《南京師範大學文學院學報》2005年01期）
從《紅樓夢》看中國文學的古今演變（《杭州師範學院學報：社會科學版》2005年03期）
余秋雨何曾剽竊我的著作——壹場鬧劇及其背後（《藝術評論》2005年09期）
再談《玉臺新詠》的撰錄者問題（《上海師範大學學報：哲學社會科學版》2006年01期）
關於《大招》的寫作時代和背景（《復旦學報：社會科學版》2006年02期）
從《紅樓夢》看中國文學的古今演變（《社會科學論壇：學術評論卷》2006年02期）
經濟與文學之關系（《學術月刊》2006年05期）
中國文學古今演變研究的意義和效應（《河北學刊》2006年05期）
《玉臺新詠》的編者與梁陳文學思想的實際（《復旦學報：社會科學版》2007年02期） 《明代徽州文學研究》——壹部地域性文學研究中的優秀之作（《文匯讀書周報》2006年8月4日）
不尚空論，言必有據——讀談蓓芳《中國文學古今演變論考》（《文學報》2006年12月28日） 社會主義市場經濟與古籍整理研究（《中國典籍與文化》1993年04期）獨立思考與細心求證（《光明日報》2000年8月10日）
不能欣賞昆曲是知識分子素養上的缺憾——關於保存和復興昆曲的幾點設想（《文匯報》2001年8月18日）
規範文科學術刻不容緩（《中國高等教育》2001年12期）
關於建立學術規範的兩點建議（《社會科學論壇》2005年01期） 《三國演義辭典》前言（《成都大學學報：社會科學版》1988年02期）
《三國演義辭典》序（《明清小說研究》1988年02期）
對武俠小說的再認識（代序）（《武俠世界的怪才——古龍小說藝術談》，曹正文著，上海：學林出版社，1989年）
《全明詩》前言（《復旦學報：社會科學版》1990年05期）
《江盈科集》序（《書屋》1997年04期）
人性的解放與形式的演進——《中國文學史新著》增訂本序（《文匯報》2007年7月17日）
評論
社會主義市場經濟與古籍整理研究（《中國典籍與文化》1993年04期）
獨立思考與細心求證（《光明日報》2000年8月10日）
不能欣賞昆曲是知識分子素養上的缺憾——關於保存和復興昆曲的幾點設想（《文匯報》2001年8月18日）
規範文科學術刻不容緩（《中國高等教育》2001年12期）
關於建立學術規範的兩點建議（《社會科學論壇》2005年01期） 美好的中文（章培恒、陳村，《當代作家評論》2002年05期）
關於中國文學研究的古今貫通——章培恒教授訪談錄（章培恒、宋榮，《語文教學與研究》2004年22期）
中國文學的古今演變——章培恒先生學術訪談錄（章培恒、馬世年《甘肅社會科學》2007年01期）