元代是中外金丹術交流的重要階段。在元代，阿拉伯的科學技術對中國影響很大。元朝在上都、大都各設回回藥物院，管理回回藥事；現存明初刻本《回回藥方》，當是元代翻譯的阿拉伯醫書和藥書。很多阿拉伯學者在元大都工作。例如，據戴良《九靈山房集》卷十九載，丁鶴年，西域人，算數、道引、方藥之說，靡不旁習，在四明或賣藥自給。1273年（至元七年），北司天臺申報該臺“合用文書經，計經書二百四十二部”，其中存放在提點官劄馬魯丁家內的經書47部。在這47部文書中，就有亦乞昔兒撰的金丹術著作《燒丹爐火》8部。這證明阿拉伯金丹術知識在元代曾大量傳入中國。在《庚道集》卷二第6頁中提到“北盧甘石即回回名脫梯石。”元忽思慧《飲膳正要》記載：“用好酒蒸熬，取露成阿剌吉。”阿剌吉是阿拉伯語Araq的音譯，說明元朝時阿拉伯蒸餾器曾傳入我國。中國金丹術知識在元代大量傳入阿拉伯國家。元兵西征時，使阿拉伯人學會了火藥的配制技術和火器的使用方法。唐代孫思邈的《千金要方》在元代被譯成波斯文。拉施特在1313年前後主編了壹部中國醫學百科全書，題名《伊爾汗國的中國科學寶藏》，書中涉及中國藥物學。這些著作中都包含有中國金丹術知識。英國金丹家羅吉爾·培根曾同出使過元帝國的法國人吉堯姆·盧布魯克有交往。培根不僅同盧布魯交談過，而且閱讀了他的旅遊報道。盧布魯克於1253年從黑海北岸沿陸路跋涉到和林，受到元憲宗的接見。盧布魯克是否向培根介紹過中國金丹術和火藥方面的知識，這是壹個有待研究的問題。但有壹點是可以肯定的，那就是培根在其《大著作》裏使用了盧布魯克提供的資料，這是“中國”第壹次出現在英國人的著作裏，而這位英國人卻是壹位金丹家。