旗起源於古代軍旗，作為戰場識別的標誌，希臘和羅馬的古籍中都有使用軍旗的記載，在歐洲中世紀時大量出現。當時歐洲的騎兵由於使用盔甲難以分辨敵軍，因此使用各自所屬紋章上盾徽的圖案作為軍旗，今日瑞士的州旗和意大利、西班牙等國的艦首旗仍采用紋章旗幟，大多數歐洲君主國家（例如英國）的王室旗也保留著紋章設計旗幟設計，部分國家（如瑞典）的國旗顏色也來自於紋徽色彩。
在荷蘭革命期間，開始出現由簡單色條縫制的國旗，之後現代旗幟中簡化的幾何設計開始出現。海上旗幟也影響了國旗的產生。船旗在17世紀早期被設計出來，以便在海上識別船只所屬的國家。早期的海上旗幟可能用於判斷風向。
直到18世紀民族主義興起後才開始有在民間懸掛國旗的行為。例如英國國旗最初在17世紀作船旗使用，直到1908年才法定確立為國旗。最早以立法形式制訂國旗是在1789年的法國大革命時開始的。原本沒有確立國旗的國家，如中國，也隨著與世界各國交流的增多而在19世紀制定了第壹面中國國旗－黃龍旗。
大多數歐洲國家在19世紀和20世紀早期制定國旗，並且大多建立在先前（大多是中世紀時期）軍事旗幟的基礎上。例如丹麥國旗在1854年正式采用，圖案源自1219年的設計。1889年確定的瑞士國旗源自中世紀時期的伯爾尼軍旗。