《石室秘錄》是中醫古籍中唯壹壹部以治法為主要內容和標目的著作。全書分6卷，依次分為禮、樂、射、禦、書、數六集，各集之中以治法為目。其中，禮集中載14種治法，樂集載30種治法，射集中載39種治法，禦集中載33種治法，書集中載12種治法和17論，數集中載有7大類疾病（7門）和16種雜病。全書論述總計128法、17論、7門、16雜病，·內容閘述了內、外、婦、兒、五官等100種左右疾病的證治，收古今成方及作者自定方500余首，其中大多處方為白裁，是中醫古籍中理論聯系實際、理法方藥俱備的治法專著。
本書對中醫基礎理論及臨床各科疾病診斷治療的理法方藥做了系統的梳理和總結，對中醫基礎理論，特別是陰陽互根、五行生克制化、五臟相關、氣血相關、命門相火等學說都有精辟的論述。例如：提出“偏治者，乃壹偏之治法，譬如人病心痛，不治心而偏治肝；譬如病在上而偏治下；譬如病在右而偏治左；譬如病在四肢手足，而偏治腹心也”，並具體指出了心病治心包之法，上焦火而下治腎之法，對《內經》五臟相關理論頗多發揮。該書重視辨證的靈活性，立方處方，味少而精，量大力宏，頗多獨到之處，如“正醫法”治肺癰方，金銀花用至3009，發揮其清熱解毒之力，使肺金得清，則癰膿得除；“通治法”治下痢方白芍、當歸各用至909，正合“行血則便膿自愈”的治療原則。