朱壹新治學主張漢、宋兼並。認為學術“有義理之學，有經濟之學，又考據之學，由辭章之學”。他的義理之學，主要見於《無邪堂答問》壹書，考據之學成就亦著，《漢書管見》四卷就是代表作。考據古籍（樸學）的風氣以清代乾隆、嘉慶朝最盛，後人所稱的乾嘉學派就是考據學派。考據方法主要是訓詁、校勘和資料的搜集整理。朱壹新傾註多年心血 撰著定稿，刊行後為世人所重。這裏摘引《漢書管見》的開頭《高祖記》中兩條，已見其壹斑：（劉邦） 母媼（顏）師古註：媼，女老稱也。皇甫謐等妄引《懺記》強為高祖父母名字，皆非正史所說，蓋無取焉。《宋書·符瑞誌》高帝父曰劉執嘉。執嘉之母夢赤烏若龍戲已而生執嘉，是為太上皇帝；母名含，始是為昭靈後。斯即小顏所譏皇甫謐等之說爾。為泗上亭長 《史記》作泗水。按：泗水是也。《水經註·泗水篇》小沛縣治故城南土宅上東岸有泗水亭，漢祖為泗水亭長，即此。
朱壹新所說的經濟之學，即經世安邦、治國安民的學問。他在《無邪堂答問》中關於東北、西北邊防的形勢與對策就有這方面的精辟見解。19世紀70年代，俄羅斯侵略新疆，日本侵略臺灣、吞並琉球。當權的左宗棠主張加強西北邊塞防務，李鴻章則強調海防更為重要，引起“海防”與“塞防”的爭論。光緒九年（1883），朱壹新撰《海防策》，認為當時的急務為治水師、扼險要、儲將才、精器械、興團練、開餉源六項。每項皆提出較詳細的精密規劃。例如治水師，他提出沿海建為北洋，江浙、閩粵三軍，每軍配以鐵甲兵輪等意見。
朱壹新相信民眾，認識民眾的力量，主張依靠發動民眾來鞏固國防。同年八月廿二日上《請速定大計以耆危局疏》中，著重提出“興團練”，其中說：無亨則編為保甲以防豪右之橫行，有事則集為鄉團以輔官軍之不逮。遍地皆民，即遍地皆兵。其他如治理黃河、京師治水等關系國計民生的大事．朱壹新著作中亦有所論及，可惜沒有給他施展抱負的機會。