千尋塔建於南詔王勸豐祐時期（公元824—859年），在崇聖寺三塔中最先建造。除了佛家所宣揚的可以成佛外，還有壹個重要的建造原因，是大理古為“澤國多水患”。古籍《金石萃編》中記載：“世傳龍性敬塔而畏鵬，大理舊為龍澤，故為此鎮之。”相傳古時修建千尋塔，采用墊壹層土修壹層塔的方法，塔修好以後，才將土逐層挖去，讓塔顯現出來，故有“堆土建塔”與“挖土現塔”之說。建塔時所搭的橋，高如山丘，長達10余裏。修塔時運力不足，還用山羊來馱磚，如今大理的銀橋村，古時稱為“塔橋村”。在修建三塔後，又建了規模弘大的崇聖寺。
千尋塔的始建年代，歷來記載不壹，大體上有：①唐貞觀（627至649年）尉遲敬德造；②唐開元元年（713）恭韜、徽義造；③南詔王勸豐祐保和十年至天啟元年（唐太和七年至開成五年，833至840）聖僧李賢者等造；④保和十年至天啟九年（唐太和七年至大中二年，833至848）博士徐正等造。根據中國內地同類古塔的建築年代，雲南應稍晚，再與原崇聖寺和中塔內的有關文物及記載相參證，千尋塔似應建於南詔王勸豐祐時（824至859年在位）最為可能 。
元武宗時曾“降聖旨”封釋覺性為住持僧，保護寺產，免征糧稅。元代亦曾加以維修，使得“殿廡煥然復興，三塔峙立，金碧交輝，巨麗與山埒（相等）”。
明代，李元陽重修，亦有“三閣、七樓、九殿、百廈”。當時寺中有五寶：三塔、巨鐘、雨銅觀音、證道歌碑和佛都匾。
至徐霞客到大理時，仍見崇聖寺前“三塔鼎立，諾四旁皆高松參天。其西由山門而入，有鐘樓與三塔相對，勢極雄壯”，樓後為正殿，正殿後為“雨珠觀音殿，乃立像，鑄銅而成者，高三丈”（《徐霞客遊記·滇遊日記八》）。據說，寺中的鴻鐘，為“建極十二年”（公元871年）造，“徑可丈余，而厚及尺”，“其聲聞可八十裏”。
明正德九年（公元1514年）大地震，千尋塔“裂二尺許，形如破竹”，後“旬日復合”。
1925年地震，塔頂震落，殘破益重。建國後政府對三塔保護十分重視，1978年對其進行了大規模維修 。