明初，按摩為太醫院的醫學十三科之壹，但大約200年後，在隆慶五年（1571），按摩科和祝由科被撤銷，僅存十壹科。正如《明會典》所說：“隆慶五年奏定禦醫吏目***二十員：大方脈五員，傷寒科四員，小方脈、婦人科各二員，口齒、咽喉、外科、正骨、痘疹、眼科、針灸各壹員”。
明代中期手法醫學之所以衰退的原因可能有二：
壹是當時的人體解剖學知識還非常有限，實施手法治療難免有壹定的盲目性；同時從業人員的醫學素質參差不齊，對疾病的病因病機的理解可能存在這樣那樣的局限性；再則當時行之有效的推拿手法往往秘而不傳，甚至已絕於世。因此，當時的推拿臨床上常有意外情況發生，造成了負面的社會影響。
《古今醫統》由明代醫家徐春甫編撰於1556年，該書卷三指出：按摩手法“亦絕不傳。其僅存於世者，往往不能用，用或乖戾，以致夭折而傷者多矣”。
明代醫家張景嶽在其1624年完成編著的《類經》中也指出：“導引者，但欲運行血氣而不欲有所傷也，故惟緩節柔筋而心和調者乃能勝任，其義可知。今見按摩之流，不知利害，專用剛強手法，極力困人，開人關節，走人元氣，莫此為甚。病者亦以謂法所當然，即有不堪，勉強忍受，多見強者致弱，弱者不起，非惟不能去病，而適以增害。用若輩者，不可不慎”。
與《古今醫統》大約前後問世的由萬全所編寫的《幼科發揮》中也有小兒推拿意外的記載：“壹兒發搐，先取善推法推舉之。向後發病益危甚。予曰：推法者，乃針灸按摩之遺意也。
經曰：無刺大虛人。推搐之法，壯實者可用之，如怯弱者其氣不行，推之有汗，反傷之也。其家不信予言。予曰：不死必成痼疾。半月後果死”。萬全在另壹部專著《萬氏家傳育嬰秘訣》中說：“幼科有拿掐法者，乃按摩之變也。小兒未周歲者，難以藥餌治，誠宜之。則可以治外邪，而不能治內病也。能治小疾及氣實者，如大病氣虛者用之，必誤也。為父母者，喜拿而惡藥，致令夭折者，是誰之過歟？”
當時手法醫學衰退的另壹個原因是封建禮教的束縛。《孟子》關於“男女授受不親”和《孝經》中“身體發膚，受之父母，不敢毀傷”的思想到明代中後期發展到了頂點。據1573—1620年的《襄陽縣誌》記載，當時的皇太後患病，曾“引線候脈”。由李梃編撰的刊於1515年的《醫學入門》中曾有這樣的規定：“如診婦女，須托其至親先問證色與舌，及所飲食。然後隨其所便，或證重而就床隔帳診之，或證輕而就門隔幃診之。亦必以薄紗罩手。貧家不便，醫者自袖薄紗”。當時的醫家龔廷賢在其撰寫的《萬病回春》中對當時的這種風氣提出了明確的反對意見：“常見今時之人，每求醫治，令患者臥於暗室幃幕之中，並不告以所患，止令切脈。至於婦人，多之不見，豈能察其聲色？更以綿帕之類護其手，而醫者又不屑於問，縱使問之，亦不說，此非所以求其愈病，將欲難其醫乎！”
明代中期取消按摩科後，按摩被迫向三個方向發展：壹是以“手法”的名義在正骨科領域繼續發展；二是在小兒科領域應用和發展；三是流傳於浴室和理發業，逐漸轉變為民間保健按摩。
《小兒按摩經》和壹批按摩專著的問世，標誌著小兒按摩體系的建立。《小兒按摩經》原書已失傳，現在所見者為收錄在明代醫家楊繼洲於1601年完成的《針灸大成》卷十。除《小兒按摩經》外，由龔廷賢撰寫的《小兒推拿方脈活嬰秘旨全書》完成於1604年；由周於蕃撰寫的《小兒推拿仙術》成書於1605年；由黃貞甫撰寫的《小兒推拿秘訣》、《小兒推拿仙術秘訣》等成書於1620年。
明末醫家李盛春在《醫學研說》中對小兒推拿臨床進行了總結：即以操作手法為綱，也就是手法作用於穴位或患病部位；以臟腑為綱；以病證為綱。以操作手法為綱者，如：“運五經，通五臟六腑之氣。凡咽喉閉塞，肚腹膨脹，氣血不和用此法”，“掐四橫紋，和上下氣血。乳食不化，手足搐掣用之”。以臟腑分類者，如：“肺經有病咳嗽多”，“退肺經之證，以瀉肺為主，推腎水，分陰陽，鳳凰單展翅，二龍戲珠，推天河水入虎口”。以病證為綱者，如：“口中插舌，乃心經有熱，退六腑，水裏撈明月，清天河為主”“四肢冷弱，推三關，補脾土，四橫紋為主“
“治肚痛，每次分陰陽二百，推三關壹百，退六腑壹百，天門入虎口十，抱手揉肚二百，揉壹窩風穴五十，掌心揉臍壹二百，吐法可用。上滾水推，用艾捶餅貼臍。忌乳食，要常帶饑”“治水腫，每次分陰陽二百，推三關壹百，退六腑壹百，推脾土三百，運水入土壹百。上用剩姜蔥湯推之。忌鹽，並生冷物，乳食少用”“治黃癥，每次分陰陽二百，推三關壹百，退六腑壹百，推腎水壹百，推脾土三五百，運水入土壹百。上用姜蔥湯推之。山楂煎湯不時服”。
明初太醫院的十三科中，有“接骨”和“按摩”科。隆慶五年，接骨科改為“正骨科”，按摩科被取消，按摩科中與骨傷疾病相關的內容逐漸被納入正骨科，並在臨床實踐中不斷得到發展。
《普濟方》為明代中期的周定王朱棣牽頭編寫的壹部醫學巨著，書中已有關於肩關節脫位手法治療的記載：“肩胛骨脫落法：令患人服烏頭散麻之，仰臥地上。左肩脫落者，用左腳蹬定，右肩脫落者，用右腳蹬。用軟絹如拳大，抵於腋窩內，用人腳蹬定，拿病手腕近肋，用力側身扯拽，可再用手按其肩上用力往下推之”。
明代中後期的著名醫家王肯堂在其所著的《瘍醫準繩》中也有髓關節脫位內收復位法的記載：“凡婦人腿骨出進陰門邊，不可踏入，用凳壹條”，“令患人於上臥，醫以手拿患人腳，用手撙上在好腳邊上去，其腿骨自入”。
此外，明代記載了許多手法治療腰痛的經驗。如《景嶽全書》卷四十五介紹了麻油按摩治療腰痛的方法：“治發熱便見腰痛者，以熱麻油按痛處揉之可止”；《韓氏醫通》說：“腎虛腰痛，令少陰掌心摩擦，每至萬余。或令進氣於腎俞穴。丹田冷者，亦摩擦而進於臍輪，其功尤烈”；《針灸大成》中也有以指代針治療腰痛的醫案：“壬戌歲，吏部許敬庵公，寓靈濟宮，患腰痛之甚。同鄉董龍山公推予視之。診其脈，尺部沈數有力。然男子尺脈固宜沈實，但帶數有力，是濕熱所致，有余之疾也。醫作不足治之，則非矣。性畏針，遂以手指於腎俞穴行補瀉之法，痛稍減，空心再與除濕行氣之劑，壹服而安。公曰：手法代針，已覺痛減，何乃再服滲劑乎？予曰：針能劫病，公性畏針，故不得已。而用手指之法，豈能驅其病根，不過暫減其痛而已。若愈全可，須針腎俞穴，今既不針，是用滲利之劑也。豈不聞前賢雲：腰乃腎之府，壹身之大關節。脈沈數者，多是濕熱壅滯，須宜滲利之，不可用補劑。今人不分虛實，壹概誤用，多致綿纏，痛疼不休。大抵喜補惡攻，人之恒情也。邪濕去而新血生，此非攻中有補存焉者乎？”
至於明代中期以後流傳於浴室、理發行業的保健按摩手法，多以口頭形式師徒相傳，很少見於文獻記載。
除上述內容外，關於內科雜證以及婦產科領域的手法治療經驗也可散見於明代中後期的其他醫學著作，如《醫學入門》、《保生秘要》、《古今醫統》、《景嶽全書》、《證治準繩》等，此處從略。