皇甫謐在《針灸甲乙經》中以《素問》、《靈樞》、《明堂孔穴針灸治要》三本書為藍本，廣泛吸收秦漢時期針灸學實踐經驗，按照“以類相從”的原則，對魏晉以前的針灸成就進行了全面總結，將有關臟腑、經絡、體質、診斷、治療等方面的知識，根據針灸學需要，專門化、系統化起來，成為條理性很強的專科知識。筆者以為，皇甫謐在針灸學術思想方面的貢獻主要有以下幾個方面：
保存了針灸古文獻資料。《針灸甲乙經》最早最完整地收藏和整理了自黃帝始至魏晉以前針灸方面的大量原始資料，保留了《明堂孔穴針灸治要》的基本內容。《四庫全書·總目提要》卷雲：“考《隋誌》有《明堂孔穴》五卷、《明堂孔穴圖》三卷，又《明堂孔穴圖》三卷，《唐誌》有十三卷……楊元孫《黃帝明堂》三卷，今並亡佚。惟賴是書有其精要。”
弘揚了《內經》針灸學術思想。《內經》是中醫基礎與針灸基本理論的經典之作。皇甫謐《針灸甲乙經·序》始雲：“按《七略》、《藝文誌》、《黃帝內經》十八卷，今有《針經》九卷，《素問》九卷，二九十八卷，即《內經》也。”皇甫謐將《內經》原經文篇、序重新編排，使事類相從，便於查尋。由於《素問》、《針經》以經文所論，理論說得多，臨床實用者少，皇甫謐將《內經》中有關解剖、生理、病理、體質、臟腑、經絡、診斷、治療等知識有機地統壹起來，以整體性指導針灸理論與臨床，發展了《內經》的針灸學說。皇甫謐發展了《內經》的腧穴學，由《內經》確定腧穴160個，發展到官定348個。在《內經》循經布穴的原則上，創立了劃線布穴法，實現了腧穴和經絡在理論上的有機統壹，扭轉了臨床取穴不統壹、不準確的局面，大大方便了臨床應用而具有實用性。在臨床診斷與治療方面，《針灸甲乙經》用了壹半以上的篇卷，介紹了針灸的臨床應用，從診斷方法到治療原則，到特殊穴位的應用及具體病癥的辯證配穴施治，使針灸學在臨床各科中得到廣泛應用，對針灸學的發展起到了承前啟後的作用。
集西晉以前腧穴學之大成。皇甫謐把人體的腧穴，按頭、面、項、肩、胸、背、腹、四肢等體表部位，劃分為排列穴位的35條線路，例如：背自第壹椎循督脈下行至脊骶凡十壹穴，這是正中線；背自第壹椎兩旁俠脊各壹寸五分下至節凡四十二穴，這是第壹傍行線。這樣尋找腧穴，便利而準確，且皇甫謐所記載的每壹腧穴，都註明了屬於那條經脈，如：“天鼎，在缺盆上，直扶突，氣舍後壹寸五分。”是針灸學史上的壹次重大變革，後世孫思邈《千金方》以及王執中《針灸資生經》等均沿用此法排列穴位。記載經穴別名70多個。穴位的別名，晉以前文獻記載很少，但皇甫謐在《針灸甲乙經》中卻記載有70多個，既對腧穴理論的發展起了促進作用，又對理解穴位的位置與作用提供了方便。同時補充完善了《內經》的未備內容。不少穴位，《內經》僅有其名，未說明取法和部位，《針灸甲乙經》對其作了補充，如風府，“疾言，其肉立起，言休，其肉立起，言休，其肉立下”；取下關，“合口有孔，張口即閉”；取昆侖，按之有“細脈動應手”等。記載交會穴80多個，既擴大了腧穴的主治，又為考訂提供依據，還方便臨床選穴治療，拓展了選穴思路。如大椎為三陽經之會，不但能治督脈“脊強反折”等病變，而且能治療所有三陽經病變；中級、關元為足三陰經任脈之會，既能治療任脈疾患，又能治療足三陰經病變。提出“脈氣所發”穴100多個。如兌端(督脈穴)為手陽明脈氣所發，大迎(足陽明)為足太陽脈氣所發。增補完善了五輸穴的體系和內容。關於五輸穴，雖《難經》對《內經》所述有所補充，但仍欠完整，《針灸甲乙經》進壹步增補了手少陰經五輸穴，使之得以完整。
確立了針灸操作規範。《針灸甲乙經》以前，有關針刺深度的記載很少，《靈樞·經水》篇僅有某經針入幾分的原則敘述，而《針灸甲乙經》則壹壹作了具體說明。如壹般頭面部諸穴3分，肢末、背部、胸脅處3-4分，肩部5-7分，腹部8-10分。這樣區分不同情況的針刺深度，既保證了針刺的安全，又給後世學者確立了針灸操作規範。規定了200多穴的留針時間。書中論述，壹般每穴平均留針時間9-7呼；少商諸井穴只留1呼，最多者為環跳、公孫，為20呼(約1分鐘)。規定了艾灸的壯數。《針灸甲乙經》規定壹般為每穴3-4壯；其中頭部、頸部、肩背等處多為3壯；胸、腋、腹部多為5壯；最少者為1壯，如井穴；最多者灸9壯，如大椎；個別甚至灸到50壯，如環跳。與現代臨床肌肉豐厚處多灸的原則基本壹致。指出了誤刺誤灸的不良後果。《針灸甲乙經》載有誤針引起不良後果的穴位有13個，誤灸引起不良後果的穴位29個。最早應用化膿灸。《針灸甲乙經》卷三雲：“欲令灸發者，灸履韝熨之，三日即發。”對後世各家強調“用灸必發灸瘡”的主張影響很大，如宋代王執中即主張“凡著艾得瘡發，所患即差，不得瘡發，其疾不愈。”
匯集豐富的臨床治療經驗。(壹)歸納了不同疾病的選穴經驗。重點是從卷七到卷十二的48篇中列出了內外婦兒各種病癥的配穴方法。(二)記載了500多個處方。其處方的內容是晉以前其他古籍中從未記載過的，特點有：單方多，即壹病壹穴或壹癥壹穴，如“骨痹煩滿，商丘主之”，“足下熱，脛痛不能久立，濕痹不能行，三陰交主之”；較少稱取某某經脈，多指明具體穴位，如治瘧，《內經》謂間日瘧不渴刺足太陽；而《針灸甲乙經》則指出：“瘧，不渴，間日瘧，飛揚主之。”；處方內容較少提到用針或用灸，用補或用瀉，如“身腫皮痛不可近衣，淫濼瘈疭，久則不仁，屋翳主之。”雖有“腹滿不能食，刺脊中”，“腸中常鳴，時上沖心，灸臍中”等記載，但為數甚少；處方近取穴多，遠取穴少。如《手陽明脈動發口齒病第六》壹篇，對齲齒齒痛，先提到目窗、正營、浮白、完骨、顴髎、兌端、耳門、齦交等近齒部穴位，然後述及合谷、三間等遠端穴位；論述了200多種病癥的治療。有內科病癥、外科病癥、婦科病癥、兒科病癥、五官科病癥等。
使針灸學傳播到國外，在對外醫學交流中發揮了巨大作用。自南北朝開始，隨著中外交流的日益頻繁，中醫學就傳到了國外，《針灸甲乙經》即是其中之壹。公元七世紀初，日本仿唐醫事制度，制定醫藥職令，規定的醫生通用教科書中就有《針灸甲乙經》，之後朝鮮也仿效之。《針灸甲乙經》也先後被譯成多種外文版本，流傳至140個國家和地區。