在明朝的正史中，有幾次瘟疫的記載。但是由於當時技術的限制，明朝的人不知道瘟疫是什麽引起的。後來，歷史學家通過花村·王坦記錄了它？京城內外的病叫青春痘，年輕老了就死了。發現這種瘟疫引起的癥狀和瘟疫引起的癥狀是壹樣的，於是將崇禎皇帝和萬歷皇帝時期的兩次大瘟疫定義為瘟疫。
那為什麽會引發瘟疫呢？嘉靖年間，明朝和蒙古之間發生了多次戰役。許多漢人被蒙古人俘虜，帶到蒙古草原上耕種。草原很快被開墾為農田，改變了當時的自然環境，老鼠的生存環境遭到破壞，老鼠與人接觸的頻率增加。萬歷年間，發生了幾次旱災，造成了很多人死亡，引發了瘟疫。崇禎皇帝時期，北方連年大旱，南方水患不斷。當時人們四處逃亡，連老鼠都沒有食物可吃。許多老鼠慢慢進入人們居住的地方，把病毒帶給許多難民，最後造成了瘟疫。
崇禎皇帝瘟疫爆發於1643年。據簡介紹，當時鼠疫非常嚴重，在京死亡人數最多，染疫後無人收屍。有歷史學家估計，從鼠疫爆發到李自成入侵北京，北京至少有20萬人死於鼠疫。當時北京駐軍有10萬人。大約1500人死於這場瘟疫，使得軍中將士人心惶惶，士氣盡失。這就導致了李自成攻打北京的時候，明朝的士兵沒有抵抗就逃跑了。