正統學派起源於漢代，全真派起源於晉代。
2.不同的分布區域
正統派主要分布在淮河以南的南方地區，全真派主要分布在中國北方的廣大地區，在南方地區(全真南宗)也有穿插。
3.歷史地位不同。
在古代(除了金元稍有可比性)，正統始終處於統治者認可的正統地位。全真派不被統治者認可，影響力遠不如正壹派。
4.不同的練習方式。
正統派，專業是福永，崇信外丹術，多是住火(即吃肉成親)的道士也是住宮觀的道士。但是戒律的執行無論如何還是很嚴格的。在歷史的長期演變下，正壹是不註重玄學(道家哲學)的研究。全真派尚內丹，主命雙修。
5.不同派別
元朝以後，正教沒有大的分化和變化，住在龍虎石天的祖庭(今祖庭暫遷至臺南)。全真派從創立之初就分成了大大小小的許多派別，其中龍門派是最大最主流的。