元太祖十五至十八年間(1220 ~ 1223)，“全真七子”之壹的丘處機應邀面見元太祖，受到禮遇，命其掌管道教，在各地建寺，全真道教進入全盛時期。在發展過程中，由於不斷占領佛教寺院，以及“老子變胡”的宣傳，引起僧人不滿，從而引發了八年(1258)的佛道論戰。結果全真路失敗了。憲宗下令全真道歸還占用的200多座寺院，讓道士們掉了頭發，燒了老子的《胡靜》及其刻本。元世祖至元十八年(1281)，佛、道兩派再次論戰，全真道以失敗告終。除了《道德經》之外，其他所有的道教經典都被燒毀，全真道受到了沈重的打擊。在元成宗，禁令逐漸放松，全真教得到恢復。明代朝廷重視正義路，全真路相對弱化。進入清朝後，更是衰落。