它是註重時間條件，以自然界周期現象，與人體氣血周流的情況相配合的。在《靈樞·經脈》篇、《營氣》篇，以及《難經·壹難》、《二十三難》都有記載。《靈樞·九針十二原》篇、《本輸》篇，記載井滎俞很詳明，惟於井滎俞配屬五行，僅有陰井木、陽井金，其余均無配屬。《難經·六十四難》對井滎俞配屬五行和十幹運用，才有進壹步的說明。《靈樞·衛氣行》篇雲：“歲有十二月，日有十二辰，子午為經，卯酉為緯”。《靈樞·五亂》篇說：“經脈十二者，以應十二月。十二月者，分為四時”。《靈樞·順氣壹日分為四時》篇說“：以壹日分為四時，朝則為春，日中為夏，日入為秋，夜半為冬”。《素問·八正神明論》說：“凡刺之法，必候日月星辰四時八正之氣，氣定乃刺之”。是謂“得天時而調之”。《甲乙經》說：“隨日之長短，各以為紀，謹候氣之所在而刺之是謂逢時。病在於陽分，必先候其氣之加於陽分而刺之。病在於陰分，必先候其氣之加於陰分而刺之。謹候其時，病可與期，失時反候，百病不除”。凡此皆與子午流註有密切之關系。南唐·何若愚著《流註指微賦》，將子午流註的應用和方法，作了概括的說明，元·竇漢卿著《標幽賦》，內有“壹日取六十六穴之法方見幽微”，“推於十幹十變知孔穴之開闔，論其五行五臟查日時之旺衰”，由此可見子午流註到了元代已經成為壹種獨特的針刺方法。它如明代的《針灸節要》、《醫學入門》、《針灸大成》等書皆有論述。而《針灸大全》徐鳳氏又推而廣之著“子午流註逐日按時定穴歌訣”，學者多為習誦以便應用。可知子午流註法由來已久，是千百年來勞動人民所註重的壹種高級的針灸療法。
子午流註者，謂剛柔相配，陰陽相合，氣血循環，時穴開闔也。何以子午言之？曰：子時壹刻，乃壹陽之生；至午時壹刻，乃壹陰之生，故以子午分之而得乎中也。流者，往也。註者，住也。天幹有十，經有十二：甲膽、乙肝、丙小腸、丁心、戊胃、已脾、庚大腸、辛肺、壬膀胱、癸腎，余兩經，三焦、包絡也。三焦乃陽氣之父，包絡乃陰血之母，此二經雖寄於壬癸，亦分派於十幹，每經之中，有井、滎、俞、經、合，以配金、水、木、火、土，是故陰井木而陽井金，陰滎火而陽滎水，陰俞土而陽俞木，陰經金而陽經火，陰合水而陽合土。經中有返本還元者，乃十二經出入之門也。陽經有原，遇俞穴並過之，陰經無原，以俞穴即代之。是以甲出丘墟，乙太沖之例。又按《千金》雲：六陰經亦有原穴，乙中都，丁通裏，己公孫，辛列缺，癸水泉，包絡內關是也。故陽日氣先行，而血後隨也。陰日血先行，而氣後隨也。得時為之開，失時為之闔，陽幹註腑，甲、丙、戊、庚、壬而重見者氣納於三焦；陰幹註臟，乙、丁、己、辛癸而重見者，血納包絡。如甲日甲戌時，以開膽井，至戊寅時正當胃俞，而又並過膽原，重見甲申時，氣納三焦，滎穴屬水，甲屬木，是以水生木，謂甲合還元化本。又如乙日乙酉時，以開肝井，至己醜時當脾之俞，並過肝原，重見乙未時，血納包絡滎穴屬火，乙屬木，是以木生火也。余仿此。俱以子午相生，陰陽相濟也。陽日無陰時，陰日無陽時，故甲與己合，乙與庚合，丙與辛合，丁與壬合，戊與癸合也。何謂甲與己合？曰：中央戊己屬土，畏東方甲乙之木所克，戊乃陽為兄，己屬陰為妹，戊兄遂將己妹，嫁與木家，與甲為妻，庶得陰陽和合，而不相傷，所以甲與己合。余皆然。子午之法，盡於此矣。
徐氏子午流註逐日按時定穴歌
甲日戌時膽竅陰，丙子時中前谷滎，戊寅陷谷陽明俞，返本丘墟木在寅，
庚辰經註陽溪穴，壬午膀胱委中尋，甲申時納三焦水，滎合天幹取液門。
乙日酉時肝大敦，丁亥時滎少府心，己醜太白太沖穴，辛卯經渠是肺經，
癸已腎宮陰谷合，乙未勞宮火穴滎。
丙日申時少澤當，戊戌內庭治脹康，庚子時在三間俞，本原腕骨可祛黃，
壬寅經火昆侖上，甲辰陽陵泉合長，丙午時受三焦木，中渚之中仔細詳。
丁日未時心少沖，己酉大都脾土逢，辛亥太淵神門穴，癸醜復溜腎水通，
乙卯肝經曲泉合，丁已包絡大陵中。
戊日午時歷兌先，庚申滎穴二間遷，壬戌膀胱尋束骨，沖陽土穴必還原，
甲子膽經陽輔是，丙寅小海穴安然，戊辰氣納三焦脈，經穴支溝刺必痊。
己日巳時隱白始，辛未時中魚際取，癸酉太溪太白原，乙亥中封內踝比，
丁醜時合少海心，己卯間使包絡止。
庚日辰時商陽居，壬午膀胱通谷之，甲申臨泣為俞木，合谷金原返本歸，
丙戌小腸陽谷火，戊子時居三裏宜，庚寅氣納三焦合，天井之中不用疑。
辛日卯時少商本，癸巳然谷何須忖，乙未太沖原太淵，丁酉心經靈道引，
己亥脾合陰陵泉，辛醜曲澤包絡準。
壬日寅時起至陰，甲辰膽脈俠溪滎，丙午小腸後溪俞，返求京骨本原尋，
三焦寄有陽池穴，返本還原似嫡親。戊申時註解溪胃，大腸庚戌曲池真，
壬子氣納三焦寄，井穴關沖壹片金，關沖屬金壬屬水，子母相生恩義深。
癸日亥時井湧泉，乙醜行間穴必然，丁卯俞穴神門是，本尋腎水太溪原，
包絡大陵原並過，己巳商丘內踝邊，辛未肺經合尺澤，癸酉中沖包絡連，
子午截時安定穴，留傳後學莫忘言。
中醫哲學主張天人合壹，認為人是大自然的組成部分，人的生活習慣應該符合自
然規律。把人的臟腑在12個時辰中的興衰聯系起來看，環環相扣，十分有序：
子時 (23點至1點)，膽經最旺。
膽汁需要新陳代謝，人在子時入眠，膽方能完成代謝。“膽有多清，腦有多清。”凡在子時前入睡者，晨醒後頭腦清新、氣色紅潤。反之，日久子時不入睡者面色青白，易生肝炎、膽囊炎、結石壹類病癥，其中壹部分人還會因此“膽怯”。這個時辰養肝血（陰）最好。
醜時(1點至3點)，肝經最旺。
“肝藏血。”人的思維和行動要靠肝血的支持，廢舊的血液需要淘汰，新鮮血液需要產生，這種代謝通常在肝經最旺的醜時完成。如果醜時不入睡，肝還在輸出能量支持人的思維和行動，就無法完成新陳代謝。黃帝內經講：“臥則血歸於肝”。所以醜時未入睡者，面色青灰，情誌倦怠而躁，易生肝病。
寅時(3點至5點)，肺經最旺。
“肺朝百脈。”肝在醜時把血液推陳出新之後，將新鮮血液提供給肺，通過肺送往全身。所以人在清晨面色紅潤，精神充沛。寅時，有肺病的人反映尤為強烈，劇咳或哮喘或發燒。
卯時(5點至7點)，大腸經最旺。
“肺與大腸相表裏。”肺將充足的新鮮血液布滿全身，緊接著促進大腸經進入興奮狀態，完成吸收食物中水份與營養、排出渣滓的過程。因此，大便不正常者在此時需要辨證調理。
辰時(7點至9點)，胃經最旺。
所以，人在 7點吃早飯最容易消化。如果胃火過盛，嘴唇幹，重則唇裂或生瘡，可以在7點清胃火。胃寒者7點養胃健脾。
巳時(9點至11點)，脾經最旺。
“脾主運化，脾統血。”脾是消化、吸收、排泄的總調度，又是人體血液的統領。“脾開竅於口，其華在唇。”脾的功能好，消化吸收好，血的質量好，所以嘴唇是紅潤的。否則唇白，或唇暗、唇紫。脾虛者9點健脾；濕盛者9點利濕。
午時(11點至13點)，心經最旺。
“心主神明，開竅於舌，其華在面。”心推動血液運行，養神、養氣、養筋。人在午時能睡片刻，對於養心大有好處，可使下午乃至晚上精力充沛。心率過緩者11點補心陽；心率過速者滋心陰。
未時 (13點至15點)，小腸經最旺。
小腸分清濁，把水液歸於膀胱，糟粕送人大腸，精華輸送進脾。小腸經在未時對人壹天的營養進行調整。飯後兩肋脹痛者在此時降肝火、疏肝理氣；
申時 (15點至17點)，膀胱經最旺。
膀胱貯藏水液和津液，水液排出體外，津液循環在體內。若膀胱有熱可致膀胱咳，即咳而遺尿。申時人體溫較熱，陰虛的人尤為突出，在這個時間滋腎陰可調此證。
酉時(17點至19點)，腎經最旺。
“腎藏生殖之精和五臟六腑之精。腎為先天之根。”經過申時的人體瀉火排毒，腎在酉時進入貯藏精華的時辰。腎陽虛者酉時補腎陽最為有效。
戌時(19點至21點)，心包經最旺。
“心包為心之外膜，附有脈絡，氣血通行之道。邪不能容，容之心傷。”心包是心的保護組織，又是氣血通道。心包戌時興旺可清除心臟周圍外邪，使心臟處於完好狀態。心發冷者戌時補腎陽；心悶熱者戌時滋心陰。
亥時 (21點至23點)，三焦經最旺。
三焦是六腑中最大的腑，有主持諸氣、疏通水道的作用。亥時三焦通百脈。人如果在亥時睡眠，百脈可休養生息，對身體十分有益。可惜現代人能做到的很少，亥時百脈皆通，所以可以用任何壹種進行調理。古籍《靈樞》：“經脈流行不止，與天同度，與地同紀。
西安大唐漢方腫瘤研究所系列抗癌組方根基於深厚的當今中醫臨床實踐並依照《黃帝內經》、《金匱要略》中“子午流註”經絡運行理論為基礎，並大量吸取了對現代醫學的有關認識、進展和經驗，對腫瘤的發生、發展及其預防和治療、康復等壹系列理論和實踐問題進行理性總結歸納，臨床總結出壹套行之有效的治療方案，靶向治療各種惡性腫瘤已取得了可喜成果，為大量國內外晚期腫瘤患者及家庭帶來福音，使眾多晚期腫瘤患者的生命在這裏得到了延續！
中醫子午流註在我國歷史悠久，其理論基礎在兩千多年前的中醫經典《黃帝內經》中就已經奠定，在中華民族傳統醫學的寶庫中，是最具有特色的寶貴理論。
子午是指時辰，流是流動，註是灌註，子午流註理論是把壹天24小時分為12個時辰，對應十二地支，與人體十二臟腑的氣血運行及五腧穴的開合進行結合,在壹日十二時辰之中人體氣血首尾相銜的循環流註，盛衰開合有時間節奏、時相特性。