哥本哈根大學成立於6月1479，是由克裏斯蒂安壹世國王批準的。和歐洲其他早期大學壹樣，哥本哈根大學最初是由天主教會創建的，歸其管轄，職責是培養牧師和傳播基督教思想。除了神學，早期哥本哈根大學的專業還包括法律、醫學和哲學。1482，大學圖書館成立。從1533到1536，學校經歷了三年的丹麥內戰。
1537年馬丁·路德的新教改革後，哥本哈根大學被轉移到丹麥路德教會國家教會並重建，從天主教大學變成了新教大學。新校徽上的人物是批準並支持這次重建的國王克裏斯蒂安三世。65438-0569年，丹麥腓特烈二世為該校師生設立了獎學金基金。1642，學校開在圓塔(Rundet？Rn)天文臺。1654年，大學圖書館搬到圓塔附近。1661年，弗雷德裏克三世開始建造皇家圖書館。
從1675到1788，哥本哈根大學引入了學位考試制度，首先應用於神學院，然後擴展到其他學院。課程越來越多，尤其是醫學和法學，發展非常迅速，學院也逐漸成型。哥本哈根大學圖書館、教學醫院等重要項目也相繼建成，成為丹麥的高等教育和科研中心。1788憲章明確了大學的職能和權力，促進了大學從歐洲古典大學向現代學術機構的轉變。所有專業的學生都必須參加學位考試才能獲得學位證書，學校開始將重心從教學轉向研究。
在1842和1850之間，哥本哈根大學進行了大規模的院系調整。原醫學院和外科醫學研究所合並為健康科學學院。1848法學院也進行了調整，將新興的政治學科納入法學院。1850，數學和自然科學專業從哲學學院分離出來，成為獨立學院。
1877，第壹個女學生考上了哥本哈根大學。20世紀上半葉，起源於第五次索爾維會議的哥本哈根學派與愛因斯坦、普朗克、薛定諤、馬克斯·馮·勞厄和德布羅意之間的學術論戰被認為是物理學史上最偉大的對抗。學術自由濃郁清新的空氣彌漫在這裏，讓這所古老的大學歷久彌新。
1960到1980這段時間是哥本哈根大學發展的黃金時期。在此期間，學生人數從6000人增加到26000人，教師人數也大規模增加。此外，壹個新的動物博物館和壹個以奧斯特和奧古斯特·克羅命名的研究所也在這壹時期建成。哥本哈根大學頒布了1970的校規，規定了大學的民主管理。在1973中，這項規定得到了修正，並很快被丹麥所有高等教育機構采納。1990到1993期間的改革，使得大學開設的所有專業都有資格授予學士學位。
1993，法學專業從社會科學學院分離出來，成為獨立的法學院。65438-0994哥本哈根大學開設了環境科學、南北關系、生物技術等新專業，並給予優惠政策以滿足其長遠發展的需要。從1996開始，哥本哈根大學陸續新建了壹些建築，包括位於阿馬格島的生物技術中心和人文學院大樓(現為南校區)。
從65438到0997，哥本哈根大學加強了與西蘭島上的其他丹麥大學和厄勒海峽對岸的瑞典高等教育機構的聯系，形成了壹個信息交流、資源共享的學術* * *體。Resund大學)、哥本哈根大學和隆德大學設立了秘書處。隨著厄勒海峽大橋的開通，兩岸交流日益頻繁，成為北歐科研創新最具活力的地區。資源科學區).
20世紀初，學校擁有學生37000多人，職工7000人，是中國最大的教學機構。2006年，學校宣布開始逐步撤離哥本哈根內城具有500多年歷史的古老教學樓，集中越來越多的院系，形成更大更現代化的校園，加強跨學科合作。
2007年，由於丹麥皇家獸醫和農業大學與皇家醫學大學合並，哥本哈根大學被並入兩個新的學院:生命科學學院和醫學科學學院。生命科學學院和醫學科學學院的生命科學和藥物科學與健康科學相結合，使其成為北歐最大的健康和生命科學中心之壹。2012年，醫學科學院、健康科學院、生命科學院三分之壹合並為醫學與健康科學院，生命科學院剩余三分之二合並為自然科學院。至此，形成了六個部門。
2013年4月，皇家圖書情報學院正式並入人文學院。