辦公室
圖書館辦公室位於圖書館三層東側302室。主要職責：
1.學校和館務會議有關決定的落實和督辦；負責與學校教學、科研主管部門以及學校其它各部門工作的聯系與協調；
2.館內各部門業務工作的協調；全館對外業務的聯系；
3.圖書館內部事物行政管理，包括：業務統計、後勤保障、考勤管理、財務管理、固定資產的管理、安全保衛、臨時工管理等；按有關規定辦理各類讀者退證手續；檢查讀者在館內的違紀行為，處理各種違章罰款；通報失物招領等；
4.館內有關規章制度的制定及組織實施；負責有關報告、總結等起草工作；
5.各類公文的運轉、文書立卷歸檔、檔案管理；印章管理等；
6.全館對外宣傳和信息匯總、審核、發布、向校辦報送。《首醫圖書館》的編輯工作；
7.讀者意見的整理、協調與反饋工作，做好來信來訪的接待與協調，信函的收發、處理等；
8.協助館學術委員會完成科研課題的申報、學術成果的統計、上報等；
9.館務會議、部主任例會等的組織安排與記錄整理存檔，並在內部主頁公布；協助館長綜合協調 和組織各類會議和活動；
10.人事信息動態管理工作。
采訪編目部
采訪編目部位於圖書館大樓東側二層203室。采編部工作是圖書館的基礎工作之壹，是藏書建設的關鍵環節。擔負著通過各種渠道收集館藏建設所需的國內外圖書、期刊、非書資料和網上資源的任務，並對入藏書刊及非書資料進行加工、整理、分析和揭示。
采編部設有中文文獻采訪、西文文獻采訪的專職人員。推薦購買書刊的讀者請與我們聯系。
信息咨詢部
信息咨詢部位於圖書館三層北側樓梯處。主要提供參考咨詢、讀者教育與用戶培訓、科技查新、查收、查引、代查代檢、館際互借與文獻傳遞、多媒體制作、磁帶轉錄、刻錄光盤、讀者上網等項服務。
主要職能：
1．開展多種形式的參考咨詢服務：當面咨詢、電話咨詢、在線咨詢等；
2．開展多層次全方位讀者教育與用戶培訓工作：研究生、本科生文檢課、系列專題培訓講座等；
3．開展館際互借與文獻傳遞、科技查新、查收、查引、代查代檢等系列信息服務；
4．負責北京高校網絡圖書館虛擬參考咨詢系統的系統管理員工作和咨詢工作；
5．開展多媒體制作和磁帶轉錄等工作；
6．對讀者提供上網服務等工作。
醫學文獻檢索課教研室
醫學文獻檢索課教研室位於圖書館三層北側310室，現有兼職教師十名，承擔學校研究生、七年制、本科生、專生本、業余專科及住院醫的《醫學信息檢索》教學工作。
教研室同時還承擔向廣大讀者宣傳介紹圖書館資源的工作，每周三下午4:00-5:00在三層計算機檢索實習室舉辦免費講座，也可以根據學院、教研室或課題組的要求提供免費的有針對性的講座。
為了方便讀者學習檢索知識，教研室設計建立了“文檢課網絡教學系統”，該系統為讀者提供了壹個課堂外的自學和交流平臺，在這裏讀者可以了解教師的基本情況、在線觀看教學視頻、下載教師的教學課件、在線進行學習測試、在線進行考試成績查詢等。
流通閱覽部
2010年，根據學校批示，圖書館將原流通部和閱覽部合並為壹個部門，部門名稱為流通閱覽部。主要承擔中、外文各類圖書的借閱及管理等工作。所轄部門有借書處大書庫、中醫圖書借閱室、地下室圖書密集庫、繼續教育學院分館，對所有讀者實行全開架借閱。讀者入庫前，請閱讀《圖書借閱規則》並遵照執行。為方便讀者借閱、全面了解書庫布局，可參見《書庫圖書分布示意圖》及《書庫各樓層圖書分布示意圖》。同時承擔五個閱覽室的全部新書、工具書、期刊、報紙、學位論文和古籍的管理，閱覽服務，期刊和學位論文的整理、裝訂，古籍的整理、編目及電子古籍的制作等工作。
系統部
系統部位於圖書館四層東側402室。主要職責：
1.負責圖書館網絡平臺的管理與維護；
2.負責圖書館軟硬件系統的管理、維護；
3.負責制定圖書館自動化方面的發展計劃；
4.負責圖書館機房服務器的管理、維護；
5.負責圖書館館藏數據庫的建設、管理與維護；
6.負責數字圖書館的建設、管理與維護；
7.負責圖書館醫學多媒體資源的發布與維護；
8.為各分館自動化提供技術支持與幫助；
9.解答讀者技術咨詢，處理讀者意見。