陳垣的客廳、書房以及住室內，總掛些名人字畫，最多的是清代學者的字，有時也掛些古代學者字跡的拓片。客廳案頭或沙發前的小桌上，也總有些字畫卷冊或書籍。這些都是賓主談話的資料，也是陳垣對後學的教材。他用30元買了壹開章學誠的手劄。在20世紀30年代，清代學者手劄墨跡，這是很高的價錢了。陳垣將它掛在那裏，備壹家學者的手跡。而有心的後學如啟功，就知道老師又在辦“劣書”展了。陳垣收藏書畫及清代學人手稿甚富，在輔仁大學公開展覽，並印有目錄壹冊。書畫中遠如明人陳白沙（獻章），近如清末陳蘭甫（澧），皆嶺南名家。抗戰勝利後，陳垣已10余年未購入書畫，年底忽有人攜來全祖望字條，愛不忍釋，以廿萬元購之。抗戰8年，陳垣堅持不與敵偽合作，潛心著述，以全祖望等明末遺民愛國情操相砥礪，並箋註《鮚埼亭集》。所以陳垣致友人信中說：“亦所謂還心願也。”
陳垣善行書，如啟功先生所言：“壹筆似米芾又似董其昌的小行書，永遠那麽勻稱，絕不潦草。”每下筆時，都提防著別人收藏裝裱似的。在名人字畫上題跋，看上去行雲流水，瀟灑自然。其實都是精打細算過的，行款位置，都安排恰當合適才肯下筆。陳垣寫信，喜用花箋，給人寫扇面，好寫自己作的小條筆記、小考證。先數好扇骨行格，再算好文詞字數，哪行長，哪行短，寫到最後，不多不少，加上年月款識、印章，天衣無縫。1972年他的老友汪宗衍將所藏陳垣手書，自1933年始，歷時40余年，精選出30余通論學函劄，影印成冊，名《陳援庵先生論學手簡》，香港於今書屋刊行。這是刊印的惟壹壹部陳垣的手跡集。字體飄逸瀟灑，俊秀精美，壹氣呵成，疏朗有致，實為書法珍品。 著名歷史學家陳垣讀書，有個“三分類”的方法。
少年時的陳垣，有次偶然得到了清代學者張之洞寫的《書目答問》壹書。打開壹看，發現這本書開列了歷史上許多著名的典籍，並作了鑒別，為讀者介紹了學習的門徑。陳垣十分高興，連忙按照書目購買了大量書籍。有人問他：“妳買了這麽多書能念得完嗎？”陳垣回答道：“書並不都是要仔細念的。有的是供瀏覽翻閱的，有的是供參考備查的，有的是需要熟讀記誦的。有的書要必求甚解，有的則可以不求甚解嘛！”原來，陳垣根據書的內容和用途，把要讀的書分成了三類：即壹般瀏覽、仔細瀏覽和熟讀記誦。有的壹兩天就翻過去了，有的要讀上個把星期，有的則需翻來覆去地背誦。
這種“三分類”法，使陳垣讀書避免了“壹刀切”、平均投入精力的毛病。他讀的書比壹般人多，精讀的書比壹般人深。直到老年，壹些歷代的名篇他仍然能夠背誦出來，90歲時，還能把駱賓王的《討武後檄》從頭到尾背得壹字不差。許多基本史料，他不用翻檢原文即能引用，給治學和研究工作帶來了很大的方便。 陳寅恪、胡適和陳垣私誼很好。《陳垣來往書信集》中收有胡適的信17通，陳寅恪的信19通，可見交往的頻繁（陳智超編註，上海古籍出版社），陳垣的兩本名著《元西域人華化考》、《明季滇黔佛教考》均是陳寅恪作的序。1949年，胡適和陳寅恪同機離開北平。由於二陳壹胡為當時中國史學界的重要人物，他們都在南京政府搶運計劃的名單上。這3個史學大師，從這壹年開始分手，各自走了3條不同的道路。胡適先飛美後赴臺，陳寅恪客居廣州，辭不赴京。只有陳垣能順應潮流，繼續做輔仁大學的校長，壹直做到院系調整以後的北師大。
1948年12月13日，胡適還在給陳垣的信中談論與《水經註》有關的問題。從信中可以看出兩位學者的交情。胡適在信的末尾寫下這樣的話：“今夜寫此短信，中間被電話打斷六次之多，將來不知何時才有從容治學的福氣。”（《陳垣來往書信集》191頁）3個月後，1949年4月29日，陳垣在《人民日報》上發表了標誌他壹生重大轉變的《給胡適之先生壹封公開信》，雖然信的語氣尚不激烈，但卻意味著這兩個朋友之間的友誼結束了，同時也意味著他和陳寅恪的友誼也畫上了句號。他在信中說：“在北平解放的前夕，南京政府三番兩次的用飛機來接，我想雖然妳和寅恪先生已經走了……”當時的陳垣“親眼看到人民在自由的生活著、青年學生們自由學習著、教授們自由的研究著”。關於陳垣給胡適的這封信，我們至今未見手跡。胡適見到這封信後，寫有《跋陳垣給胡適壹封公開信》，心平氣和地談了他的感想，他認為這封信不是出自陳垣手筆（胡頌平編《胡適之先生年譜長編初稿》第6冊，2122～2133頁，臺灣聯經版）。不管怎麽說，陳垣從此轉變了，以後他每做文章，幾乎都要否定自己的過去，說自己以前“所講所學皆井蛙夏蟲之見”（陳智超《陳垣傳略》見《中國現代社會科學家傳略》第壹輯206頁，山西人民出版社）。1959年1月，他光榮加入中國***產黨，他激動地說：“壹方面感到聞道太晚，在先進的人們，先進的知識分子早已為人民革命事業不屈不撓英勇奮鬥的時候，而我過去卻壹直對這樣偉大事業毫無認識，未能參加到革命的行列，實覺愧對人民。另壹方面，我也慶幸和感謝黨多年以來的關懷與培養，黨用***產主義世界觀教育了我，使我能在垂暮之年，獲得新的政治生命，因此我感到光榮。”（同上）對陳垣的轉變，陸鍵東在《陳寅恪的最後二十年》中有這樣的評價：“陳垣思想的巨大轉變是壹個典型，它映照出時代鋪天蓋地的潮流。北京的人們相信，在這股洪流面前沒有人能置身於外。”（該書118頁，三聯版）
陳垣是轉變了，從他前半生經歷中，我們推不出他要轉變的必然結果，但他的轉變又是壹個既存的現實。我們對他的轉變不必過分苛求，但也須保留壹點懷疑的態度。當時陳垣69歲，盡管許多資料說他轉變之後，如何學習毛澤東的書和馬列主義，但有壹個基本的事實不容回避，就是壹個年過古稀的人，在多大程度上能立刻重新接受壹種新的思想？如果說能接受，那麽這與壹個人的生理和心理狀況均不相符，陳垣的學術研究，走的是樸學壹路，與政治無關，但誰選中了這個本與政治無關的人，讓他成為舊學者在新時代裏轉變的典型呢？在日後的幾乎每壹次政治運動中，陳垣都有積極的表現。他曾寫過壹篇《思想改造在輔仁大學》的文章，將自己終身服務的大學說得壹無是處，說自己：“長期為帝國主義服務，思想模糊，敵我不分……”（見《文教工作者的思想改造問題》上冊，人間書屋1952年）
如果按照當時的邏輯，經過思想改造運動之後，作為舊學者的典型，陳垣迎來了他自己的新時代，從治學方法上，他找到了新的東西，從思想境界上，他找到了馬列主義，他是學者，應該從此在學術上達到壹個超越過去的新水平，雖然他已是壹個老人，但他還沒有失去學術能力，他應該多為人們留下壹些學術成果，但遺憾的是，在他晚年的學術生涯中，我們見到的多是這樣的文章：《斥奧斯汀侮辱中國人民》、《加強政治課程和時事學習》、《我在三反運動中的思想體會和檢討》、《遵循著斯大林同誌的遺誌繼續前進》等等，陳智超說：“解放以來，他還寫作了二十多篇學術論文。”（同上）陳垣過去的學術特點是以寫專著見長的，但後來卻沒寫壹部專書，而應景的文章，要幾倍於這“二十多篇學術論文。”（劉乃和《陳垣同誌已刊論著目錄系年》，《勵耘書屋問學記》，三聯版1992年）是陳垣年齡太大了嗎？從他的健康狀況看，似乎不是。令人感慨的是40後代末就幾乎雙目失明的陳寅恪，始終保持了自己的獨立性，不僅沒轉變，還完成了《元白詩箋證稿》、《論再生緣》和3大卷的《柳如是別傳》，“至文化大革命之難起，他至少完成了十幾篇文章，兩本專著，以及《寒柳堂記夢未定稿》。盲目衰翁有此成績，殊可驚嘆。”（汪榮祖《陳寅恪評傳》第166頁，百花洲文藝出版社）陳寅恪雖然小陳垣10歲，但當時的身體狀況也不好。陳垣似乎適應了時代，但再沒留下了什麽傳世之作，而堅持了“獨立之精神，自由之思想”的陳寅恪，卻為後世留下了豐富的學術遺產，陳垣的遺憾是時代造成的，但個人應當承擔多少責任，後人又該從這遺憾中得到些什麽啟示呢？我所見陳垣的資料不是很多，但從壹本《陳垣來往書信集》中，我能略窺他的個性，該書緊排著收有1935年戴傳賢和汪兆銘給陳垣的兩封信。從信中得知，戴傳賢復信是陳垣將他的《元西域人華化考》寄給他後的感謝信，當時戴傳賢是考試院院長。汪兆銘的信也是陳垣寄贈《史諱舉例》、《元西域人華化考》後的復信，當時汪兆銘是行政院院長（見該書624、625頁）。從這信中，至少可以感到陳垣是喜歡和政界要人來往的，這種個性，在他最終的轉變中，可能也起了作用。史學界對二陳的評價是：陳寅恪重誌節而陳垣識時務，因此二人的命運也就截然不同。