主要區別是，起源不同、分布不同、特點不同，具體如下：
壹、起源不同
1、閩南語
據傳起源於黃河、洛水流域，在西晉時期、唐朝、北宋遷移至福建南部，發祥於福建泉州。
2、粵語
語言學家認為“粵語最早的源頭，應該是楚人南遷、楚語南來所導致的結果。
二、分布不同
1、閩南語
主要分布地除閩南地區和臺灣地區外，還廣泛分布於閩東北地區、浙東南區、及廣東粵東、粵西地區、海南島及東南亞的大部分華人社群。
2、粵語
粵語分布在中國華南的廣東粵中、粵北和粵西南地區，香港、澳門、 廣西東南部以及海外華人社區如馬來西亞吉隆坡、越南胡誌明市、澳大利亞悉尼、墨爾本、聖誕島，美國紐約、三藩市，加拿大溫哥華、多倫多等處廣泛流行。
三、特點不同
1、閩南語
閩南語保留了相當成分的中國古代特別是唐、宋時期語言的語音、詞匯，被海內外語言學者稱為中國古代漢語的活化石。因此，研究探索閩南語的發展，對保護、弘揚中國古代語言遺產，研究中國其他語種以及古代閩越地區的社會、經濟、文化等領域有著積極的作用。
2、粵語
在標準粵語/粵語廣州話中保留有許多古老發音，粵語保留有較多古詞、古義，措辭古雅，且粵語的許多詞語，包括語氣助詞，都可以直接在古漢語典籍中找到來源。在漢語北方話中，這些古詞已被廢棄不用或很少用。粵語中保留有修飾成分後置及倒裝等語法項目 。而且現代粵語仍然有較高使用在上古漢語中占主導地位的單音詞的傾向。壹些被粵語使用者視為通俗的字辭可在古籍中找到來源。
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