《山海經》壹書的書名，最早見於司馬遷《史記·大宛傳》：“至禹本紀、山海經所有怪物，余不敢言也。”這表明司馬遷讀過《山海經》。在司馬遷之前，《山海經》的書名應當早就已經有了只是卷數不明；而在更早之前，雖然還沒有《山海經》的書名，但是《山海經》的文獻資料應該也是早已存在。
有學者推測：秦始皇、呂不韋及其門客、屈原都應該讀過《山海經》。理由是秦始皇對海外求仙篤信不疑，是因為對古代典籍的信任；後兩者，因《呂氏春秋》記述有許多《山海經》的內容，而《天問》中有大量與《山海經》相同的內容，屈原的其它文章亦有與《山海經》相同的記述。莊周則可能可能讀過《山海經》，因《莊子》裏面的豐富想象力，應該得益於《山海經》的“荒誕”內容。老聃，則應該讀過並整理過《山海經》，因他長期就任周朝國家圖書館的館長，他完全有條件閱讀到周朝國家圖書館收藏的各種典籍文獻，其中應該包括周朝以及前朝的地理文獻。應當指出的是，中國人考察山川物產、部落分布，當然不是自《山海經》而始。事實上，對自然環境和人文環境的了解、觀察和記錄，可以追溯到人類社會的早期。
以上是司馬遷之前的《山海經》情況，其後，《山海經》的版本沿革基本上有案可查。其中，西漢末年劉秀（劉歆）校訂的《山海經》版本，已經不能直接看到了。現能看到的最早《山海經》版本，是晉代學者郭璞的《山海經傳》，有宋、明、清三代的刻本，也是迄今（2013年）能看到的並確認的最早《山海經》版本，它包括《山經》5篇和《海經》13篇，各卷著作年代無從定論，其中14卷為戰國時作品，4卷為西漢初中葉作品，有宋代、明代、清代的刻本。多數學者認為，郭璞《山海經傳》應當是傳自漢代劉向、劉歆（即劉秀）合編校後的版本，根據在於，郭本《山海經傳》卷首有劉秀《上山海經表》壹篇，劉秀明言獻上《山海經》18卷，但其所獻古籍早無存世，內容無考。
東晉時文學家郭璞對《山海經》進行了整理，並作了精細的註釋工作，對於了解《山海經》原文有極大幫助。現存《山海經》均來源於郭璞註本，如果沒有郭璞的註解，《山海經》這部珍貴古籍也許會被湮沒在歷史長河中。並且，郭璞版的《山海經註》是帶註、贊、圖的，但郭本原圖早已佚失，較重要版本、近人袁珂的《山海經校註》，所附插圖150幅，絕大多數都是采用吳任臣的《山海經廣註》壹書的附圖，其它有附圖的《山海經》版本大多也是選用明清學者《山海經》版本的附圖（明、清以前更早的《山海經》版本所附的古圖亦均已失傳，現所知道的山海經附圖，均為單幅插圖，沒有涉及地理方位）。
之後，據袁珂《山海經校註》壹書，比較重要的《山海經》版本及其研究專著，計有明代學者撰寫的《山海經補註》（楊慎）、《山海經釋義》（附圖，王崇慶），以及清代學者撰寫的《山海經廣註》（吳任臣）、《山海經存》（附圖，汪紱）、《山海經新校正》（畢沅）、《山海經箋疏》（郝懿行）、《山海經地理今釋》（吳承誌）。
20世紀前80年，由於朝代更叠、戰亂、日本法西斯侵略中國，以及政治運動等多方面的原因，中國大陸地區沒有《山海經》研究專著出版。根據張步天的《山海經概論》壹書的統計，中國20世紀80年代以來，出版的《山海經》研究專著有，袁珂的《山海經校註》、《山海經校譯》、《山海經全譯》，徐顯之的《山海經探原》、《山海經淺註》，喻權中的《中國上古文化的新大陸：山海經·海外經考》，扶永發的《神州的發現：山海經地理考》，宮玉海的《山海經與世界文化之謎》，王紅旗、孫曉琴的《新繪神異全圖山海經》（附《山海經點註》），馬昌儀的《古本山海經圖說》（2007年後又出增訂版），張步天的《山海經概論》、《山海經解》。此外，王善才主編有《山海經與中華文化》壹書，5次《山海經》學術研討會分別出版有論文集，例如第壹次全國性的《山海經》學術研討會（1983年，成都）就出版有《山海經新探》壹書（筆者的論文《山海經試註（選）》亦收入其中）。需要補充的是，丁振宗（馬來西亞）的《破解山海經古中國的X檔案》（中州出版社）。
以上版本是學術性的（自然不包括20余年來神秘文化泛起後所出版的普及型、獵奇、漫畫、戲說式等非專業性作品）。這些版本大多數附有若幹繪圖，其來源主要是：在明清《山海經》版本附圖的基礎之上，廣泛收集歷代文獻、碑刻、畫像磚、器物畫（陶器、玉器、漆器、青銅器、瓷器、絲織物等等），以及巖畫、壁畫等載體上的古人物圖案、古動物圖案，從中發現與《山海經》內容相關的古圖，以及可與明清《山海經》插圖相比較的古圖（不完全統計在壹千至二千幅之間），其代表作即山東畫報出版社的《古本山海經圖說》（馬昌儀，2000年），學苑出版社的《全像山海經圖比較》（馬昌儀，2003年8月）。如馬昌儀2007年的《古本山海經圖說（增訂珍藏本）》前言所述，其即是選用包括清吳任臣《山海經廣註》、日本文唱堂版《怪奇鳥獸圖卷》在內的16種圖本。由於這些圖基本上都沒有地理方位信息，因此其功能僅限於對《山海經》所記人物、動物的圖形再現。