漢代時，屯門貿易經濟活動已頗具規模。制鹽、采業均甚發達。南北朝時代公元四二八年（劉宋文帝元嘉五年），壹位有神力的河北僧人南遊，常常乘坐木杯渡海，人稱「杯渡禪師」，後來他到屯門修道並在青山的壹個大山巖中定居，在巖前興建杯渡庵（後稱青山古寺及青山禪院）。當時的古籍亦同時記載了山上美景及當年屯門的特產——吊鐘花，亦已有前往廣州的中外船只在屯門停泊補給。
唐代時（公元六壹八至九零六年）設軍事要塞屯門鎮，設防置兵留守，兵力為劃地設守之邊防軍，至公元七三六年（開元二十四年），屯門有駐軍兵額二千人，屬安南都護府。唐以後朝代興替，屯門也逐漸成為中國南方對外海上交通的重要樞紐。
五代南漢時（公元九壹七至九七壹年）設靖海都巡，並在山麓建軍寨。山上杯渡巖內的杯渡禪師石像，亦為郊N時南漢時所雕刻，現仍獲保存於原地。
宋代（公元九六零年至壹二七九年）置巡檢司緝捕海盜。當時屯門漸漸成為廣州的外港，由廣州出海，來往各地的船只都停靠屯門灣等候風訊；而在陸上，居民多以農務為業，主要種植稻米，但僅供自給。
元代時，蒙古人入主中原，令北方中原的漢人大族紛紛南徒，而遷居於屯門境內的則有廖氏、陶氏。
明朝建築墩臺與泛房分別駐守，明正德九年（公元壹五壹四年），葡萄牙人曾抵屯門，占據通往珠江三角洲海道，對本地居民造成極大苦難。正德十六年（公元壹五二壹年），爆發了首次中葡戰爭，廣東海道副使汪鈜指揮戰事，擊退葡人，奪回了屯門。在商業方面，屯門當時盛產著名茶葉及海鹽。
清朝時，屯門是漁農之鄉，清政府在此設屯門寨、墩臺，並派有官兵防守，而自南頭至屯門壹帶又常為倭寇及海盜等侵犯。康熙元年（公元壹六六二年），輔臣鰲拜連續頒布三道遷界令，遷界使屯門區居民輾轉流離，土地荒蕪，人命經濟損失慘重，也令海盜更猖獗，廣東官員均痛陳遷界弊病，紛紛要求復界，至康熙八年（壹六六九年），才準許復界。
壹八九九年屯門移交英國時，屯門只有新墟這個人口二百五十人的小鎮，由於交通不便，居民要往區內返各鄉村只可靠水路交通。當時青山灣還是荒涼壹片，人煙不多，食水也僅靠山泉供應。
公元壹九零零年，革命黨人在遠離港九市區的「青山農場」壹帶建立了壹個反清秘密活動站，開展革命活動。
古籍記載
歷史上的屯門是華南名城，大量古籍都有記載屯門的故事，以下選出其中壹小部份：
《唐書》四十三下 誌第三十三下 地理七下 嶺南道
廣州東南海行，二百裏至屯門山，乃帆風西行，二日至九州石。又南二日至象石。又西南三日行，至占不勞山，山在環王國東二百裏海中。又南二日行至陵山。又壹日行，至門毒國。又壹日行，至古笪國。又半日行，至奔陀浪洲。又兩日行，到軍突弄山。又五日行至海硤，藩人謂之「質」，南北百裏，北則羅越國，南岸則佛逝國。
《航海外夷》 嶺外代答
三佛齊者諸國海道往來之要沖也三佛齊之來也正北行舟歷上下竺與交洋乃至中國之境其欲至廣者入自屯門欲至泉者入自甲子門
《新安縣誌》藝文誌之十二
明鄭文炳：杯渡山
聞說禪宗此舊遊，壹杯飛渡渺滄洲。
山前卓錫泉猶在，巖上懸枝鐘尚留。
石柱杞橿個古勝，蕙蘭莎草四時幽。
唐《韓昌黎集》卷六
《贈別元十八協律》 韓愈
寄書龍城守，君驥何時秣？
峽山逢颶風，雷電助撞捽。
乘潮簸扶胥，近岸指壹發。
兩巖雖雲牢，木石互發發。
屯門雖雲高，亦映波濤沒。
余罪不足惜，子生未宜忽。
胡為不忍別？感謝情至骨。
《新安縣誌》卷之十二 下卷
防海形勢
南頭壹寨原轄泛地六處曰佛堂門曰龍船灣曰洛格曰大澳浪淘灣曰浪白明萬歷十四年總督吳禦史汪會題南頭為全廣門戶控制蠻倭請以總兵移鎮蓋番船固可直達澳門而由澳門至省則水淺不能行必須由大嶼山經南頭直入虎頭門以抵於珠江此南頭所以為全廣門戶也正德年間番彜佛朗機入寇占據屯門海道江鎮平之厥後隆慶三年海賊曾壹本八寇四年倭寇流[去||]鄉村萬歷年間老萬山賊肆[去||]崇正年間艚賊字魁奇劉香等相繼入寇雖屢經剿滅而南頭之守禦尤嚴