上海書店編的《叢書集成續編》是續商務印書館的《叢書集成初編》，與臺灣版無關。
上海書店1994年6月影印出版的《叢書集成續編》，選取明清及民國時期的叢書180部，刪除各叢書相重復以及與《叢書集成初編》相重復的書，***收古籍3200余種，按經、史、子、集分類編排。所收各書按原書影印，精裝16開180冊，其中1－20冊為經部，21－75冊為史部，76－97冊為子部，98－180冊為集部。本書所選叢書以流傳稀少、學術價值較高、以及研究工作實用為標準。在編排上，放棄了《初編》所用的現代學科分類法，改用傳統的四部分類法。在四部分類之後，另立“別錄類”，以安排子目中集多種不同著作而成的小叢書。