1、古書疑義舉例劄迻 1918年 鉛印本 （1905年國粹學報1卷1、2號）
2．古書疑義舉例三補校錄 民國十三年秋刻本 又收入長沙鼎文書社輯《古書疑義舉例叢刊四種》 1924年版
3．唐寫本經典釋文殘卷校語補正 1918年 鉛印本
4、莊子劄記 十四卷 上下冊 1919年
5、莊子義證 五卷 民國八年 鉛印本 三十三卷 附錄二卷 1920年商務印書館鉛印本（6冊） 校補記壹卷（***三十六）
6、老子覈詁 四卷 1924年 景山書社 又1925年印本
7、老子校詁 1956年古籍出版社 1974年中華書局 （17萬字）
8、說文解字研究法 1929年 商務印書館版（1928年重定本）。 1933年 1988年 中國書店 （1935年壹冊）
9、中國文字之構造法 1927年上海暨南大學 鉛印本
1O、讀呂氏春秋記 1931年 上海商務印書館 鉛印本
11、西溪歷樊榭先生祠堂記 1932年 印本（馬敘倫撰 余紹宋書）
12、周鳳山先生墓誌銘 1932年 石印本（黃侃撰 馬敘倫書）
13、象山紀子庚墓誌銘 1935年
14、故北京大學教授瑞安許叔璣先生之碑 1935年 石印本 （藏北京圖書館善本室）
15、讀書小記 1931年 商務版 後收入天馬山房叢書 （卷壹卷二）
16、讀書續記 1939年 商務版 （卷三、四、五）
17、讀書續記 五卷 （[按]1919年2月27日起連載於《北京大學日刊》）1986 中國書店 （卷六、七）
18、六書解例 四卷 1931年商務印書館石印本
19、六村解例 1933年 商務版
20．石鼓文疏記 1935年 商務版 1935年再版
21、天馬山房叢著 1933年自費印行
22、爾雅講義 民國間抄本 藏北京圖書館
23、殷虛書契前編所見許氏說文解字所無之字 1942年稿本（藏北京圖書館）
24、馬敘倫言論集 1946年 山東新華書店編印
25．我在六十歲以前（生活從書之壹） 1947年7月上海生活書店初版 9月再版 1983年12月三聯書店重版 又臺灣文海版 又收入周谷城主編《民國叢書》滬版
26、石屋余瀋 1948年上海建文書店 [按]1947年3月9日《文匯報》 浮世繪版開始連載 1984年上海書店
27、石屋續瀋 1949年上海建文書店 1984年上海書店 （8萬字）
28、石屋余瀋 石屋續瀋 1996年山西古籍出版社橫排本
29、馬敘倫學術論文集 1958年科學出版社30、說文解字六書疏證 1957年科學出版社（15冊） 1985年 上海書店（8冊）（244萬字）
31、莊子天下篇述義 1958年上海龍門聯合書局 （7萬3千字）
32．讀金器刻詞 1962年中華書局
33．馬敘倫墨跡選集 1964年人民美術出版社
34、馬敘倫書法選 1985年人民美術出版社
35、馬敘倫先生法書選集 1989年上海書畫出版社
36．馬敘倫政論文選 文史資料出版社1985年4月第壹版
37．馬敘倫詩詞選 文史資料出版社1985年3月第壹版
38、讀書續記 北京市中國書店 1986（1939年商務印書館）又卷八～卷十五未及出版，原稿存北京圖書館
39、石屋余沈 上海書店1991
40、石屋續沈 山西古籍出版社 1995