平生致力於珍本古籍的收藏，所藏多秘籍，以清廷禁毀書為多，藏書處有“風雨樓”，並編撰有《風雨樓書目》。光緒三十壹年（1905），與章太炎等人在上海創辦了“國學保存會藏書樓”，收藏大量珍本古籍。該樓藏書樓剛開辦時約有書近6萬余卷，是集合鄧實、黃節、劉師培3人所捐圖書作為基本藏書。藏書於1906年10月正式開放。辦藏書樓的宗旨是：庋藏古今載籍，搜羅秘要圖書，以供本會會員及會外好學之士觀覽。它也對社會上好學之士開放。他親自參與了該藏書樓的管理，對書籍逐壹檢閱、編號、分類，裝訂和修補破損的圖書；完成了重新編目工作。並編制有目錄。撰寫有《國學保存會藏書誌》；1932年實因經費短缺閉樓，藏書最後由他捐獻給復旦大學圖書館。刊刻圖書有《風雨樓叢書》50冊、《風雨樓秘籍留真》10冊，皆為影印各名家手寫稿本。如顧苓、孫承澤、朱彜尊、王芑孫等人的手寫稿本。藏書印有“秋枚”、“雞鳴風雨樓藏書記”、“雞鳴子”、“實”等數枚。