在中央機構，實行“三公九臣”制度。“三公”，即丞相、太尉、太醫。“九卿”，即廷尉、蘇誌內史、豐昌、殿科、郎中令、少府、衛、太傅、完顏政。在“三公”中，宰相輔佐皇帝處理國家大事，邱輔佐皇帝掌管國家軍隊，禦史大夫掌管書章，監督官員。“三公”並不互相統壹，而是直接隸屬於皇帝，便於皇權集中。在“三公”下的“九卿”中，廷尉掌管司法、財政、祭祀、外交、大夫侍從、皇室收入、宮廷侍衛、禦用車馬、完顏政皇室事務。無論“三公”還是“九卿”，都是皇帝任免，不世襲。
在中央政府機構下，秦朝全面實行郡縣制。這是秦始皇采納李斯建議，廢除建立諸侯國傳統做法的壹個創舉。這種制度符合皇權專制和天下壹統的要求，形成了壹個龐大而有序的封建統治網絡。郡設郡長、郡長、郡督，組織結構類似於中央政府。縣級以下有縣，1萬戶以上的縣有縣令，1萬戶以下的有縣長。縣長是壹個縣的首腦，負責該縣的政府事務，受縣長的控制。還有魏和程。魏掌管郡縣軍事治安，程為副司令兼都督，掌管郡縣司法。偏遠地區修路，大爺管。縣級以下有鄉、村、亭。三老、守財奴、遊遊等鄉官設在鄉，主管教育、稅收、治安。鄉以下有李、或李典，負責行政事務和組織生產。此外，還有專門的警備和禁絕盜賊的機構亭。秦國最初把全國分為36郡，後來隨著邊境的不斷發展，增加到40郡。
秦朝通過層層政府的有效治理，將天下的權力集中在中央政府。這無疑加強了中央政府對地方政府的控制和管理，為中央集權統治提供了有力保障。但是，過於細致嚴謹的管理制度也嚴重束縛了各地的活躍因素。尤其是秦朝的嚴刑峻法和敲詐勒索，不僅沒有讓秦始皇實現長生不老的期望，而且在他死後不久，天下分崩離析，朝代更叠。
秦始皇在政治上加強中央集權，在經濟上采取相應的嚴厲措施。首先，皇帝擁有至高無上的財政權力，宰相參與國家經濟政策的制定並執行皇帝的命令，郡縣負責轄區內的收稅和征勞。各級政府每年都要上報國家財政狀況，核實後評定政績優劣，給予獎懲。據睡虎地秦墓竹簡記載，縣領導必須及時清查縣官的財產和賬目，賠償任何損失，並向來縣辦事的中央官員提供口糧。可以說，郡縣的實際任務就是為皇帝搜刮百姓的油脂，壓制百姓的不滿和反對。秦朝嚴格的財政分工、嚴格的財政立法、嚴格的財政監督、嚴格的財政獎懲，繼續繼承和發展了戰爭年代秦國的財政制度，但顯然有些方面已經不能適應和平建設時期統壹帝國的要求。更可悲的是，秦朝統治者不僅沒有及時調整政策，還使得金融機構無法正常運轉，甚至使生產管理系統癱瘓，後果難以預料。
其次，制定土地政策，確認土地私有制。秦始皇三十壹年(216年)頒布“使貴州第壹個農田自給自足”的法令，讓全國人民向國家申報真實的耕地數量，國家據此登記土地，收取地租。這壹政策意味著私有土地受到封建政權的保護，標誌著封建土地所有制的確立。這既是秦土地制度發展的必然結果，也是對各國土地制度發展狀況的總結和概括。《史記·秦始皇本紀》中有“六合之內，天子之地”的銘文，說明皇帝，即國家，對全國土地擁有最高的所有權。而“使元首自立”，說明皇權已經承認了全國臣民所擁有的土地的世代繼承和支配。由此形成了中國封建社會土地占有的兩極結構，既不是完全的國家所有，也不是完全的私人所有，而是國家所有和私人所有相結合，使得土地所有權具有不確定性和流動性。土地所有權由國家和私人雙方分割。表面上看，所有社會成員都有人身自由，但實際上，人們不得不依靠土地來提供奴役。“人到之處無臣”，說明封建土地制度是鞏固封建統治的有效手段和經濟基礎。
第三，為了加強對天下臣民的控制，維護封建政權的長治久安，秦始皇進行了移富移民實邊運動，直接分配全國人口。秦始皇統壹天下的那壹年，“以鹹陽十二萬戶之富徙天下”。將天下百姓全部置於京城的直接控制之下，既消除了動亂的隱患，又強化了關中地區的經濟優勢。可見，這種“以強淩弱”的手法，實際上強化了中央對四方的多重控制。隨著邊境地區的不斷擴大，秦始皇進行了更大規模的移民活動。秦始皇二十八年(公元前219年)“遷貴州第壹府三萬戶之臺”。三十三年(214)，任蒙恬驅匈奴北歸，沿黃河設四十四郡。在南方，“桂林、項峻、南海”略取出兵之意。這些措施有利於鞏固和發展邊疆，也促進了各民族的交流和融合。但由於移富移孽活動過於倉促激烈，完全依靠封建政治強制執行，沒有考慮到移民的經濟利益，於是天下震動，民怨沸騰，陳勝、起義由此而起。
再次，面對戰國以來長期分割、條塊分割的混亂局面，秦朝為了方便各地區之間的經濟往來，使國家的財政職能正常運轉，下令統壹全國經濟計量。六國貨幣被廢除，取而代之的是在秦國貨幣基礎上加工的貨幣，使天下通行。《史記》載:“論秦，壹國貨幣二等。金以易之名，為幣；銅錢通稱為半兩，重如其文，為壹幣。”近年來，考古發掘出土的秦代“半兩”錢幣較多。在兵馬俑坑和俘虜墓中，出土了600多枚“半兩”錢幣，均為方圓形錢幣。貨幣制度統壹後，克服了貨幣形狀和重量不同的弊端，解決了使用和兌換的困難，有利於商品交換和金融秩序，也促進了經濟領域的行為規範。秦半兩元幣的樣式，因其造型美觀，使用方便，成為漢代及後世銅錢的起源。秦始皇還鑒於戰國時期各國實行的度量衡制度差異很大，下令廢除各國混亂的度量衡，並以商鞅變法時期的度量衡制度為基礎，在全國範圍內頒布。比如傳世的商鞅坊，刻了壹道聖旨，是統壹計量的標準計量器具。秦朝還制作了許多新的標準器具，刻有帝王銘文送往全國各地，在陜西、甘肅、山西、河北、河南、內蒙古、遼寧、吉林、山東、江蘇等地都有發現。可見，秦朝實行統壹計量確實是轟轟烈烈的，這無疑是加強國家經濟集中控制、規範貨幣、統壹衡器的重要手段，有利於促進社會經濟的融合，當然更有利於促進民族知識和國家發展。
秦朝為適應政治、經濟的要求，建立了軍權高度集中、軍隊高度統壹的軍事領導體制。皇帝既是國家元首，又是全軍統帥。所有的將軍都是他親自任命的，所有的軍隊都在他的全面控制之下。同時嚴格執行印、符、節制度，即蓋有皇帝禦璽的軍令有效，士兵持有完成的虎符方可調動，在朝廷授予的連續節日下行軍可以暢通無阻。三者缺壹不可，否則不會生效，這樣才能保證軍權不喪失。
太尉奉皇帝之命指揮國軍，但他只有調兵的權利，沒有調兵遣將的權利。壹旦發生戰爭，皇帝直接任命壹名將軍帶隊作戰，戰後回朝交出軍權。秦朝時，軍事將領除了駐紮在軍中鎮守邊塞的將領外，並不專事士兵，以免自重。通過這種高度極權的軍事領導體制，整個國家的軍事力量都被皇帝所控制。這種軍事制度被後來的封建王朝繼承和發展，成為維護最高皇權和世界穩定的威懾力量。
秦朝的兵役制度規定，所有成年男子都有當兵的義務。17歲的男性必須到當地政府登記，登記後開始服兵役或徭役。壹般會在本縣服壹年兵役，接受執行任務的訓練。然後按照征兵的順序，在首都或者邊疆服役壹年。此外，每個適齡男子每年都需要在本郡服役壹個月，主要負責修建城墻、道路、宮殿和運送物資。服役期以軍功爵位制為準，免役時間根據爵位大小而定。這種普遍的征兵制對後世影響很大，但在具體實施中往往是按照皇帝的意願進行的。
秦軍分為兩部分:中央直屬部隊和地方縣部隊。中央直屬部隊包括皇帝的侍衛部隊、首都衛戍部隊和邊疆衛戍部隊。當地縣部隊主要接受軍事訓練，負責當地治安，也是中央直屬部隊的補充和儲備。秦軍主要由陸軍組成，分為三個兵種:戰車、步兵和騎兵。秦朝時期，戰車在戰爭中仍然肩負著重要的任務。進攻時，他身先士卒，打亂了敵人的隊形。防守時，打壹個陣基擋住敵人的沖擊。步兵是秦軍的主要兵種，它是通過正規訓練挑選勇敢強壯的人組成的。秦軍的步兵根據武器裝備分為輕步兵和重步兵。輕步兵不穿鎧甲，手持弓箭等武器，戰時占據前排，射箭殺死遠處敵人；身穿盔甲的重步兵在戰時優先於輕步兵。逼近敵人時，用戈、矛、鈸、槳等長兵器與敵廝殺。這種兵力的分合，是我軍體制史上的壹大進步。秦軍騎兵主要與戰車和步兵配合，但不能獨立完成作戰任務。在秦軍，采用車輛、步兵、騎自行車的混合隊形，彌補各兵種的不足，發揮各自的長處，這在當時是比較先進的陣法。
秦軍也裝備精良。戰國時期出現的弩機此時更加完善，矛和劍的尺度也加長了。士兵穿的盔甲已經由金屬刀片制成，根據不同的兵種有不同的形式。秦軍的作戰能力有了明顯的提高，它無疑成為了封建中央集權國家的堅強支柱。