1.位置不同:腳註位於每頁的底部，而參考文獻位於文檔的末尾。
2.不同用途:腳註用於註釋文獻特定部分的詳細信息，幫助讀者更好地理解文獻內容，而參考文獻則是在寫論文或著作時引用的相關文獻的書目，用於列出引文來源等。
3.編號方法不同:每條腳註單獨編號，用數字“①、②、③”表示，而參考文獻按在文中出現的順序用阿拉伯數字連續編號，序號放在方括號內。