陳氏認為《本經》問世以後，雖有陶弘景、蘇敬等註解、修訂、補充，但還有被遺漏而未載於本草的藥品。“故別為序錄壹卷，拾遺六卷，解紛三卷，總曰《本草拾遺》，***十卷。”
本書原著早已散佚，但從《證類本草》中看，引用本書所載的藥物就有447種之多。《本草綱目》引用諸家本草的藥物，也以引用本書所載的藥物為多，有368種。
本書編著成功，進壹步充實了本草的內容，對醫藥學的發展，有壹定的貢獻。所以李時珍對其極為推崇，評價它說：“其所著述，博極群書，精核物類，訂繩謬誤，搜羅幽隱，自本草以來，壹人而已。”
《本草拾遺》***10卷，分為3部分。兼顧藥學理論和實際應用，具有很高的學術價值。序例1卷，相當於藥物總論。
拾遺6卷，***載《新修本草》未收之藥692種（壹說712種）。每藥詳述藥名、產地、性狀、采制、性味、毒性、藥效、主治、禁忌等。解紛3卷，主要是解決舊本草著作藥物記載之紛亂，考證品種，訂正訛誤，辨析形態、性味相似易於混淆者，現知論藥269種。
陳藏器在《本草拾遺》中既吸收了眾多的民間醫學成就，也勇於實踐，無論是理論還是臨床應用都有自己的創見。清代全祖望因陳藏器的醫學貢獻，稱其為“四明醫學之初祖”。《本草拾遺》的內容豐富廣博，對於祖國醫藥學的貢獻是多方面的。概而言之：
1.新增藥物692種。
這些藥物來源廣泛，既含內陸又達濱海，既有漢族又有少數民族藥物，還包括國外傳入的藥物，如罌子粟（內陸）、海馬（濱海）、蒼梧（壯族地區）、甘藍（歐洲）。
2.藥物和藥劑分類法的創造。
《本草拾遺》的序例相當於總論，在理論上將處方按功效分為“十劑”。
·（1）宣可去壅（即用宣散、湧越之品，以治療胸悶嘔惡等壅塞之證）：生姜、橘皮之屬。
·（2）通可去滯（即用通利之品，以治乳汁不通或濕滯臟腑經絡等病癥）：木通、防己之屬。
·（3）補可去弱（即用補益之品，以治療各種虛弱之證）：人參、羊肉之屬。
·（4）泄可去閉（即用開泄之品，以治腑實便秘、肺實氣急等郁閉之證）：葶藶、大黃之屬。
·（5）輕可去實（即用輕蒲之品，以治外感六淫之邪，肌表無汗之證）：麻黃、葛根之屬。
·（6）重可去怯（即用重鎮之品，以治心神浮越，驚悸不寧等神怯之證）：磁石、鐵粉之屬。
·（7）滑可去著（即用滑利通淋的藥物，以治療濕熱凝結的熱淋等證）：冬葵子、榆白皮之屬。
·（8）澀可去脫（即用澀斂之品，以治各種精津氣血耗散滑脫之證）：牡蠣、龍骨之屬。
·（9）燥可去濕（即用燥濕之品，以治水腫腹脹，小便不利等水濕之證）：桑白皮、赤小豆之屬。
·（10）濕可去枯（即用滋潤之品，以治幹咳無痰，口幹舌燥，或腸燥便秘等津枯之證）：白石英、紫石英之屬。
陳藏器創立的這項藥物分類方法是按藥物的性能分類的，和現代分類方法頗為相似。“十劑”也是我國早期按藥物性能功用分類方劑的方法，我國方劑學從《內經》的“七方”發展到唐代的“十劑”，陳藏器在理論上作出了重要的貢獻，從而為後世方劑學按功能分類奠定了基石。
3.糾正舊說之訛誤
關於藥性，如他指出“接骨木有小毒，本經雲無毒，誤也”。尤其是他認為“姜黃性熱不冷，本經（指《唐本草》）雲寒，誤也”，此說為後世的臨床應用所廣泛接受； ·關於品種，陳氏指出陶弘景《名醫別錄》未辨黃精與色吻兩物的失誤，並細把黃精分為偏精與正精兩種，又指出蘇恭把女萎、萎蕤分為兩物的錯誤，肯定了陶弘景《名醫別錄》的正確，並博引史書扼要地說明了該藥物的性能、形狀、特點與功用等。他又指出箘桂、牡桂、桂心三種並是壹物，筒桂為箘桂之誤書，有理有據。他還指出前人將菊科屬植物澤蘭與蘭草相混的錯誤。關於藥物的作用，陳藏器批駁了《神農本草經》關於食姜能使人少智的“浪說”。
4.擴充藥物的功用、主治、用法
(1).陳藏器發展了許多藥物的臨床應用方法。 · 如葛根首載於《神農本草經》，其味甘辛性平，唐代以前多用於解肌、調胃、止瀉、止痢，臨床常用葛根湯和汁。《本草拾遺》別辟新徑，提出葛根“蒸食，消酒毒，可斷谷不饑。作粉尤妙”。陳氏所謂葛粉系由葛根經水磨而澄取的澱粉入藥，味甘性寒，其生津止渴的效力確較幹葛根為優。自從陳藏器提出了葛根“作粉尤妙”的新用法後，宋《開寶本草》便有了“作粉：止渴，利大、小便，解酒，去煩熱”的記載，此後醫家臨床多用葛粉作清熱除煩之用。 · 又如烏賊為重要的海洋藥物資源，在漢代僅用其骨入藥，南北朝始用其肉，而用墨則始於唐代，《本草拾遺》最早創用烏賊墨內服以“治血刺心痛”，而在國外，烏賊墨則通常作廢棄物扔掉。現代臨床證明烏賊墨確是壹種良好的全身性止血藥，對婦科、外科、內科等多種出血療效顯著，無副作用，其作用機制是通過抑制纖溶酶活性，導致纖維蛋白溶解減少，從而促進凝血。
(2).對於各類疾病的治療，陳藏器也有許多新的創舉。
· 如他探討了礦泉水溫形成的原因，認為“下有硫磺，即令水熱”，這個觀點在我國古代壹直占有統治地位，現代科學已經證明這是錯誤的。但陳藏器又進而指出：“硫磺主諸瘡病，水亦宜然。水有硫磺臭，故應愈諸風冷為上。”我國用溫泉療疾至晚在東漢已出現，陳藏器正確地將瘡瘍壹類外科疾患作為溫泉浴療法的主要適應癥，壹直為古今醫家所沿用。
· 陳氏還記載了獨樹壹幟的熱敷物理療法，如六月河中熱砂條雲：“取幹砂日暴，令極熱，伏坐其中，冷則更易之，取熱徹通汗，治風濕頑痹不仁，筋骨攣縮，腳疼冷風掣癱緩。”這種砂浴療法直至當代民間仍有不少人在應用。他還指出在進行砂浴療法時，要取熱徹通汗，然後隨病進藥，忌風冷、勞役。這說明他已懂得了砂浴療法配合藥物及飲食補養對促使病人早日康復的意義。
· 陳藏器還采用化學方法治療外科疾患，如草蒿條雲：“草蒿燒為灰，淋取汁，和石灰，去息肉。”這無疑是將無機堿的腐蝕作用應用於治療息肉的較早壹例。
陳藏器《本草拾遺》是繼《新修本草》之後唐代貢獻最大的民間藥物學專著，所收藥品中不少被後世本草引錄為正品藥條，如《海藥本草》引2種，《開寶本草》引64種，《嘉佑本草》引59種，《證類本草》引488種。明代李自珍《本草綱目》***收錄藥物1892種，而采自《本草拾遺》的竟達368種，約占1/5，其中動物藥111種，礦物藥106種，即使最新的研究證明李自珍曾有誤引，但所引陳著仍冠於28家歷代本草之首。另外日本醫籍《和名類聚抄》、《醫心方》等均有引用，證明域外醫家對此書也非常重視。
美國加利福利亞大學教授謝弗在《唐代的外來文明》壹書中也稱贊陳藏器是“八世紀偉大的藥物學家”，並與“相對保守壹些的藥物學者”相比較，他說：“陳藏器詳細而又審慎地記錄了唐代物質文化的許多方面的內容，這些記載雖然與醫藥沒有直接的關系，但是對於我們來說，卻有很高的價值。《本草拾遺》就是陳藏器撰寫的壹部偉大的著作。正如書名所表示的那樣，這部著作是對保守的官方藥物學著作的補充。到了宋代時，陳藏器的後輩們對《本草拾遺》中收錄了那樣多非正統的資料而對他提出了尖銳的批評。但是在我們看來，這些資料中包含了許多中世紀初期剛剛開始使用的新藥物，所以具有重要的價值。”這些評價恰如其分地論定了陳藏器在中國藥物學史上的重要地位。