三元即三寶君，第壹是從混洞太無元化生的天寶君，第二是赤混太無元化生的靈寶君，第三是從冥寂玄通元化生的神寶君。三寶君分別治於三清境，幫三寶又稱三清。天寶君治在玉清境，即清微天，其氣始青，靈寶君治在上清境，即禹余天，其氣元黃，神寶君治在太清境，即大赤天，其氣玄白。而三元皆本同道氣，所以，三寶君的名號雖殊，卻本同於壹。
三寶君是道教中的最高尊神，是神明之宗，造化之祖。同時還是經教之教主，為道教傳下了三洞三十六部真經。天寶君說十二部經，為洞真教主，靈寶君說十二部經，為洞玄教主，神寶君說十二部經，為洞神教主。三洞合成三十六部尊經。三洞經又各有垂教的對象，以合乎學道修道的品級。開始入道修學之人，始入仙階，登無累境，故初教以洞神神寶經，其次智漸精勝，既進中境，故中教以洞玄靈寶經。最後即登上境，智用無滯，故上教以洞真天寶經。其目的都是通過經教文化，誘俗修仙，從凡證道。