即明朝建立之初，還有很多蒙古人仍留居明朝境內，這些蒙古人的來源，大概可以分為以下幾個部分：
壹，已經漢化的蒙古人。
早在元朝建立前，或者元朝統治時期，就有大批的蒙古族入居中原，或官或民，累世定居。之後，元世祖忽必烈推行?詔蒙古戶種田?,?聽蒙古人分墾?的各項措施。鼓勵蒙古人與漢人相處，學習漢人種田。這部分蒙古人其實最後已經慢慢漢化了，元亡滅亡後，也沒有追隨元朝統治者離去，而是選擇做明朝的子民。
二，沒有和元朝皇帝逃出去的蒙古人。
在明朝軍隊秋風掃落葉般的進攻下，蒙古軍隊只能且打且退，壹路向北逃逃亡。據史料記載，在明軍的追擊下，蒙古貴族脫歡帖木兒率蒙古軍隊?且戰且退而出，四十萬蒙古人中，得脫者惟六萬，其三十四萬(皆)被圍而陷矣?。這些未逃脫的蒙古人留居內地，都成為明王朝的臣民。此外，有些已經逃到草原的蒙古貴族和下層人民，由於已經長期在內地生活，對草原生活反而已經不習慣了，在看到明朝並沒有對他們實施清算後，又從漠北歸回內地定居。
三，在和北元的戰爭中俘虜的蒙古人。
朱元璋為解除日夜思慮的?北顧之憂?，制止北元的進擾和?欲圖恢復?活動，常派大軍掃蕩大漠。在明與北元的戰爭中，有許多蒙古官兵、貴族以及他們的家屬被明軍俘獲，如定西(今屬甘肅)沈兒峪戰役，蒙古貴族、官員壹千八百余人，士兵八萬四千余人被俘，送至南京這些蒙古俘虜也被安置下來，居住在明朝境內。
四，從長城附近遷徙到內地的蒙古人。
明初，為了斷絕蒙古人與內地的聯系，朱元璋令長城附近的蒙古族遷居內地。洪武四年(1371年)六月,?徙北平(北京)山後(太行山北端，軍都山逸西地區)民三萬五千八百余戶，散處諸衛府，籍為軍者給衣糧，民給田。又以沙漠遺民三萬二千八百余戶屯田北平?。同時，順寧(河北宣化境)、興洲(河北灤河支流興州河右岸壹帶)的蒙古族九萬三千八百七十人均徙至北平。
綜觀明建國之初二十年間，留居明朝境內的蒙古族總數約達九十萬人，他們分布於北平，南京、河北、河南、山西、陜西、甘肅、新疆等廣`大地區，從東北到雲南都有蒙占族人定居。
值得壹提的是，和蒙古統治者不同，朱元璋對這些蒙古遺民采取了非常寬松的政策。元朝統治者把全國劃分為蒙占人、色目人、漢人、南人四個等級，推行民族分化和民族壓迫政策。可以說，終元壹朝，漢人受盡屈辱。不過，朱元璋並沒有用同樣的手段對付蒙古人，而是?以德報怨?。