但存目之書珍品雜陳，琳瑯滿目，為尊重歷史、保存文獻，1992年中國古籍整理委員會提出搜輯影印《四庫全書存目叢書》，編纂出版工作於1997年10月全部完成，歷時五年。該書***收錄散藏於國內外116所圖書館、博物館及少數私人藏書家手中的四庫存目書4508部中，其中宋刻本15種，宋寫本1種，元刻本21種，明刻本2152種，明抄本127種，清刻本1634種，清抄本330種、稿本22種，有三成以上為孤本或稀見本。分為經、史、子、集四部，其中經部收錄734種，史部收錄1086種，子部收錄1253種，集部收錄1435種。卷帙浩繁，洵為大觀。 1997年10月由齊魯書社影印出版，16開精裝1200冊。