隨著科技的進步，忍術逐漸失傳。相傳忍術的始祖是孫子兵法，需要歷史學家考證。
戰國時期，名人需要大量的敵情信息，對敵方城市進行破壞活動，所以忍術在這個時代得到了突飛猛進的發展。忍術在以下地區發展:武藏，甲飛，月後，信濃，伊賀，加賀，集義等。其中，伊賀和加賀的忍術是日本最發達的。伊賀和加賀都離北京很近，地形屬於被山和障礙物包圍的封閉小盆地。雖然貧瘠，但他們的戰略位置非常重要:因為他們靠近日本的馮靜恩中部地區。戰國時期，在伊賀、加賀這彈丸之地先後崛起了60多個土豪(每家最大實力不超過50人，按照中國的算法，充其量也就是小土匪)。雖然場地很小，但是這裏的競爭之激烈超出了外人的想象。土豪們互相結成虛假的聯盟，暗中互相刺探，壹旦抓住機會，就給對手無情的打擊。這兩座充滿殘忍與狡詐的血腥大山，逐漸演變成忍術發展的大本營。伊賀和加賀對忍者事業的最大貢獻是將忍者的理論基礎和技巧系統化，編撰了壹本忍者修煉的書籍——《萬吉川海》。雖然流派不同，但忍者們修煉的經典是《萬吉川海》這本書，其內容是教給忍者們如何修煉忍者的所有理論基礎和技能指導。德川家族第四代大將德川家岡彥保(1676)四年，加賀隱士藤森保五結合中日歷代名將的思想和武功精髓，參考六塔六塔。參照我國古代著作《左杜甫文選》中“百家爭鳴，海歸”的思想，將此書定名為《萬海》。如書名所示，“萬吉川海”意為海納百川，取各家之精華。《萬吉川海》由六部分組成:正心、常識、陰忍、陽忍、氣象、忍。這本書後來成為忍者練習的必讀教材。劉濤和《孫子兵法》是對萬吉川海和忍術整體發展影響深遠的兩部古代著作。也可以看出，中國的這些古代軍事武術思想為日後日本忍術的發展壯大奠定了堅實的理論基礎，是忍術真正最早起源於中國的證明。可以說，《萬吉川海》是日本人學習中國古代軍事精髓和修煉玄學的總結。