司馬遷早年受學於孔安國、董仲舒，漫遊各地，了解風俗，采集傳聞。初任郎中，奉使西南。元封三年（前108）任太史令，繼承父業，著述歷史。他以其“究天人之際，通古今之變，成壹家之言”的史識創作了中國第壹部紀傳體通史《史記》（原名《太史公書》）。被公認為是中國史書的典範，該書記載了從上古傳說中的黃帝時期，到漢武帝元狩元年，長達3000多年的歷史，是“二十五史”之首，被魯迅譽為“史家之絕唱，無韻之離騷”。
人物生平
早年經歷
西漢景、武年間（時間不詳），在黃河龍門的壹個小康之家中，司馬遷出生了。司馬遷的祖父司馬喜在漢文帝詔入栗米受爵位以實邊卒的政策下，用四千石栗米換取了九等五大夫的爵位，因此全家得以免於徭役。
年幼的司馬遷在父親司馬談的指導下習字讀書，十歲時已能閱讀誦習古文《尚書》、《左傳》、《國語》、《系本》等書。漢武帝建元年間，司馬談到京師長安任太史令壹職，而司馬遷則留在龍門老家，身體力行，持續著耕讀放牧的生涯。
學遊天下
稍稍年長之後，司馬遷離開了龍門故鄉，來到京城父親的身邊。此時司馬遷已學有小成，司馬談便指示司馬遷遍訪河山去搜集遺聞古事，網羅放失舊聞。去司馬遷在二十歲時開始遊歷天下，他從京師長安出發東南行，出武關至宛。南下襄樊到江陵。渡江，溯沅水至湘西，然後折向東南到九疑。窺九疑後北上長沙，到舊羅屈原沈淵處憑吊，越洞庭，出長江，順流東下。登廬山，觀禹疏九江，展轉到錢塘。上會稽，探禹穴。還吳遊觀春申君宮室。上姑蘇，望五湖。之後，北上渡江，過淮陰，至臨淄、曲阜，考察了齊魯地區文化，觀孔子留下的遺風，受困於鄱、薛、彭城，然後沿著秦漢之際風起雲湧的歷史人物故鄉，楚漢相爭的戰場，經彭城，歷沛、豐、碭、睢陽，至梁（今河南開封），回到長安時任太史令的父親司馬談身邊。
回朝為官
因為父親司馬談的緣故，司馬遷回京後得以仕為郎中。
漢武帝元鼎六年（前111年），馳義侯授命平定西南夷，中郎將郭昌、衛廣率八校尉之兵攻破且蘭，平南夷。夜郎震恐，自請入朝稱臣。漢軍又誅邛君，殺笮侯，冉震恐，請臣置吏。隨後漢武帝在西南夷設置武都、牂柯、越巂、沈黎、文山五郡。而此時正隨漢武帝東行巡幸緱氏的司馬遷在繼唐蒙、司馬相如、公孫弘之後，再次出使西南，被派往巴、蜀以南籌劃新郡的建設。隨後又撫定了邛、榨、昆明，在第二年回朝向武帝覆命。
父授遺命
漢武帝元封元年（前110年）春天，漢武帝東巡渤海返回的路上在泰山舉行封禪大典。作為參與制定封禪禮儀官員的司馬談卻因病留滯在周南（今洛陽）未能繼續前行，更因此而心中憤懣以致病情加重。奉使西征的司馬遷在完成任務後立即趕往泰山參加封禪大典，行到洛陽卻見到了命垂旦夕的父親。
彌留之際的司馬談對司馬遷說：“我們的祖先是周朝的太史。遠在上古虞舜夏禹時就取得過顯赫的功名，主管天文工作。後來衰落了，難道要斷送在我這裹嗎？妳繼為太史，就可以接續我們祖先的事業了。如今天子繼承漢朝千年壹統的大業，到泰山封禪，而我不得從行，這是命中註定的啊！我死以後，妳壹定會做太史；做了太史，妳千萬不要忘記我要編寫的論著啊。況且孝，是從侍奉雙親開始的，中間經過事奉君主，最終能夠在社會上立足，揚名於後世，光耀父母，這是孝中最主要的。天下稱頌周公，是說他能夠歌頌周文王、武王的功德，宣揚周、召的遣風，使人懂得周太王、王季的思想以及公劉的功業，以使始祖後稷受到尊崇。周幽王、厲王以後，王道衰落，禮樂損壞，孔子研究、整理舊有的文獻典籍，振興被廢棄了的王道和禮樂。整理《詩》、《書》，著作《春秋》，直到今天，學者們仍以此為法則。從魯哀公獲麟到現在四百多年了，其間由於諸侯兼並混戰，史書丟散、記載中斷。如今漢朝興起，海內統壹，賢明的君主，忠義的臣子的事跡，我作為太史而不予評論記載，中斷了國家的歷史文獻，對此我感到十分不安，妳可要記在心裏啊！”司馬遷低下頭流著淚說：“小子雖然不聰敏，但是壹定把父親編纂歷史的計劃全部完成，不敢有絲毫的缺漏。”
私淑古今賢
因為在長安任職，又縫“漢之得人，於茲為盛”的漢武盛世，司馬遷得以結識匯聚於長安的天下賢能之士。包括賈誼之孫賈嘉，公孫季功（或為公孫弘），樊噲之孫樊他廣，平原君朱建之子，馮唐之子馮遂，田叔少子田仁，梁人壺遂，杜陵蘇建等。然而，對司馬遷影響最大的莫過於董仲舒與孔安國。
司馬遷與上大夫壺遂討論文學之時曾說過：“我聽董生說：‘周朝王道衰敗廢弛，孔子擔任魯國司寇，諸侯害他，卿大夫阻撓他。孔子知道自己的意見不被采納，政治主張無法實行，便褒貶評定二百四十二年間的是非，作為天下評判是非的標準，貶抑無道的天子，斥責為非的諸侯，聲討亂政的大夫，為使國家政事通達而已’”。而縱觀《史記》可知董仲舒之公羊學對司馬遷的影響主要為：其壹，公羊家頌揚湯武革命，主張以有道伐無道，成為《史記》反暴政的思想基礎；其二，公羊家"尊王攘夷"，主張"大壹統"的思想，成為《史記》貫串全書的主要觀念；其三，公羊家崇讓、尚恥之義是《史記》褒貶歷史人物的道德標準。
因孔安國為孔子後人，家中有當世失逸的《古文尚書》十余篇，並兼通今古文學。故而司馬遷亦嘗就《古文尚書》問故於孔安國，學習古文經學的故訓，以及別擇古文資料的古文學，掌握考信歷史的方法。而《古文尚書》作為整個古文學的核心，司馬遷寫上古三代史亦從中作了大量的引用。
司馬遷曾在《史記·孔子世家》給給予孔子“高山仰止，景行行止。”的高度贊揚。其亦吸收孔子學說和六藝經傳的精華，效法孔子精神，繼《春秋》作《史記》，完成壹代大典。
討論改歷
漢武帝太初元年（前104年），漢朝自建立以來已經102年了。漢室建立之初，諸事草創，大部分都沿襲了秦朝的制作。歷法則采用了較為貼近的《顓頊歷》。盡管如此，《顓頊歷》對朔、晦的計算亦與實際情況相異。於是時任太史令的司馬遷和大中大夫公孫卿以及壺遂等人向漢武帝進言說：“《顓頊歷》已經不適合現·在的情況了，因該重新定制歷法。”。而禦史大夫兒寬恰好懂得經學，漢武帝便命令兒寬去與眾博士商議修改歷法等事情。並於同年，命令公孫卿、壺遂、司馬遷、侍郎尊、大典星射姓等人討論定制《漢歷》。
遭受腐刑
漢武帝天漢二年（前99年），武帝想讓李陵為出酒泉擊匈奴右賢王的貳師將軍李廣利護送輜重。李陵謝絕，並自請步兵五千涉單於庭以寡擊眾，武帝贊賞李陵的勇氣並答應了他。然而，李陵行至浚稽山時卻遭遇匈奴單於之兵，路博德援兵不到，匈奴之兵卻越聚越多，糧盡矢絕之後，李陵最終降敵。武帝憤怒，群臣皆聲討李陵的罪過，唯有司馬遷說：“李陵侍奉親人孝敬，與士人有信，壹向懷著報國之心。他只領了五千步兵，吸引了匈奴全部的力量，殺敵壹萬多，雖然戰敗降敵，其功可以抵過，我看李陵並非真心降敵，他是活下來想找機會回報漢朝的。”然而，隨著公孫敖迎李陵未功，謊報李陵為匈奴練兵以期反擊漢朝之後，武帝族了李陵家，而司馬遷也以“欲沮貳師，為陵遊說”被定為誣罔罪名。誣罔之罪為大不敬之罪，按律當斬。
面對大辟之刑，慕義而死，雖名節可保，然書未成，名未立，這壹死如九牛亡壹毛，與螻蟻之死無異。想到文王拘於囚室而推演《周易》，仲尼困厄之時著作《春秋》，屈原放逐才賦有《離騷》，左丘失明乃有《國語》，孫臏遭臏腳之刑後修兵法，呂不韋被貶屬地才有《呂氏春秋》傳世，韓非被囚秦國，作《說難》和《孤憤》，《詩》三百篇，大概都是賢士聖人發泄憤懣而作。終於，在那個“臧獲婢妾猶能引決”的時代，司馬遷毅然選擇了以腐刑贖身死。至此，司馬遷背負著父親窮盡壹生也未能完成的理想，面對極刑而無怯色。在堅忍與屈辱中，完成那個屬於太史公的使命。